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21: Appendice A - Revisione della biochimica - Biologia

21: Appendice A - Revisione della biochimica - Biologia



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  • 21.1: Molecole organiche
    La biochimica è la disciplina che studia la chimica della vita e il suo obiettivo è spiegare forma e funzione in base a principi chimici. La chimica organica è la disciplina dedicata allo studio della chimica a base di carbonio, che è alla base dello studio delle biomolecole e della disciplina della biochimica. Sia la biochimica che la chimica organica si basano sui concetti della chimica generale.
  • 21.2: Carboidrati
    Le biomolecole più abbondanti sulla terra sono i carboidrati. Da un punto di vista chimico, i carboidrati sono principalmente una combinazione di carbonio e acqua e molti di essi hanno la formula empirica (CH2O)n, dove n è il numero di unità ripetute. Questa visione rappresenta queste molecole semplicemente come catene di atomi di carbonio "idrati" in cui le molecole d'acqua si attaccano a ciascun atomo di carbonio, portando al termine "carboidrati".
  • 21.3: Lipidi
    Sebbene siano composte principalmente da carbonio e idrogeno, le molecole lipidiche possono anche contenere ossigeno, azoto, zolfo e fosforo. I lipidi hanno scopi numerosi e diversi nella struttura e nelle funzioni degli organismi. Possono essere una fonte di nutrienti, una forma di stoccaggio del carbonio, molecole di accumulo di energia o componenti strutturali di membrane e ormoni. I lipidi comprendono un'ampia classe di molti composti chimicamente distinti, i più comuni dei quali sono discussi in questa sezione.
  • 21.4: Proteine
    Gli amminoacidi sono in grado di legarsi insieme praticamente in qualsiasi numero, producendo molecole di qualsiasi dimensione che possiedono un'ampia gamma di proprietà fisiche e chimiche e svolgono numerose funzioni vitali per tutti gli organismi. Le molecole derivate dagli amminoacidi possono funzionare come componenti strutturali delle cellule e delle entità subcellulari, come fonti di nutrienti, come serbatoi per l'accumulo di atomi ed energia e come specie funzionali come ormoni, enzimi, recettori e molecole di trasporto.
  • 21.5: Utilizzo della biochimica per identificare i microrganismi

Miniatura: un sito di legame enzimatico che normalmente si legherebbe al substrato può in alternativa legare un inibitore competitivo, impedendo l'accesso al substrato. Immagine utilizzata con autorizzazione (CC BY 4.0; Thomas Shafee).


Biochimica: gratis per tutti

Attribuzione-Non commerciale
CC BY-NC


Una guida pratica all'insegnamento con Proteopedia

Karsten Theis, Dipartimento di Scienze Chimiche e Fisiche Westfield State University, Westfield, MA.

Università Nazionale di Cuyo, Scuola di Scienze Mediche, Istituto di Biochimica e Biotecnologia, Mendoza, Argentina

Dipartimento di Chimica, Butler University, Indianapoli, Indiana, USA

IGBMC, Illkirch-Graffenstaden, Francia

Scuola di Scienze Naturali e Sociali, Università di Rio Grande, Rio Grande, Ohio, USA

Dipartimento di Chimica, Wabash College, Crawfordsville, Indiana, USA

College of Arts and Sciences, Maryville University of Saint Louis, St. Louis, Missouri, USA

Dipartimento di Chimica, Università del Massachusetts Amherst, Amherst, Massachusetts, USA

The Weizmann Institute of Science, Dipartimento di biologia chimica e strutturale, Rehovot, Israele

The Weizmann Institute of Science, Life Sciences Core Facilities, Rehovot, Israele

Dipartimento di Scienze Chimiche e Fisiche, Westfield State University, Westfield, Massachusetts, USA

Karsten Theis, Dipartimento di Scienze Chimiche e Fisiche Westfield State University, Westfield, MA.

Astratto

Proteopedia (proteopedia.org) è una risorsa aperta per esplorare la relazione struttura-funzione delle proteine ​​e di altre biomolecole. Questa guida fornisce consigli pratici su come incorporare Proteopedia nell'insegnamento della struttura e della funzione delle proteine ​​e di altre biomolecole. Per 11 attività, discutiamo i risultati desiderati, la definizione delle aspettative, la preparazione degli studenti per i compiti, l'utilizzo delle risorse all'interno di Proteopedia e la valutazione del lavoro degli studenti. Segnaliamo caratteristiche di Proteopedia che la rendono particolarmente adatta all'insegnamento e forniamo esempi di come evitare insidie ​​comuni.

Figura S1: proteopedia.

Appendice S2: Informazioni di supporto R-CC.

Appendice S3: Informazioni di supporto R-JJ.

Appendice S4: Informazioni di supporto R-AT.

Appendice S5: Informazioni di supporto R-KT.

Appendice S6: Informazioni di supporto W-JJ.

Appendice S7: Informazioni di supporto W-BK.

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Appendice S9: Informazioni di supporto W-AT.

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Panoramica

Questo è un libro di revisione per l'esame di biologia AP, quindi non tutte le informazioni in esso contenute sono pertinenti al DAT. È abbastanza dettagliato per una guida alla revisione, ma non è ancora completo come un libro di testo, quindi non aspettarti di trovare tutto sulla biologia all'interno delle sue pagine. Potrebbe essere necessario materiale supplementare per determinati argomenti, ma questa guida alla revisione copre tutti gli argomenti necessari in Biologia per il DAT.

Ecco una panoramica della guida alla revisione:

  • Biochimica
  • La cellula
  • Respirazione cellulare
  • Fotosintesi
  • Divisione cellulare
  • Eredità
  • La base molecolare dell'ereditarietà
  • Diversità biologica
  • Evoluzione
  • Impianti
  • Fisiologia umana
  • Il sistema immunitario umano
  • Riproduzione e sviluppo animale
  • Ecologia
  • Comportamento animale

Indagini
Cinque temi per aiutarti a scrivere un grande saggio
Impara come valutare un saggio

Appendice A–Bibliografia
Appendice B–Misure utilizzate in biologia
Appendice C–Tabelle di riferimento
Glossario
Indice

Questa guida allo studio contiene due prove pratiche e la possibilità di acquistare un CD-ROM per altre due prove pratiche su computer. Il CD-ROM include il punteggio automatico per le prove pratiche e sia il libro che il CD-ROM contengono spiegazioni sulle risposte per ogni domanda. Offrono anche un ulteriore test pratico online per l'acquisto del libro da solo o con il CD-ROM. Se acquisti anche il CD-ROM, avrai un totale di 5 prove pratiche. Ci sono anche domande pratiche aggiuntive a scelta multipla e a risposta libera con spiegazioni di risposta in tutto il libro alla fine di ogni capitolo.


Revisione annuale della biochimica

Rilascio 2020 dei rapporti sulle citazioni delle riviste

L'edizione 2020 del Journal Citation Reports® (JCR) pubblicata da Clarivate Analytics fornisce una combinazione di metriche di impatto e influenza dai dati di origine del Web of Science 2019. Questa misura fornisce un rapporto tra le citazioni di una rivista in un determinato anno e le voci citabili nei due anni precedenti.

Scarica le classifiche JCR dell'edizione 2020 delle recensioni annuali in formato Excel.

Revisione annuale di: Classifica Nome della categoria Riviste classificate in categoria Fattore d'impatto Citato Half-Life Indice di immediatezza
Chimica analitica 6 Chimica, Analitica 86 7.023 7.1 2.042
Chimica analitica3Spettroscopia427.0237.12.042
Bioscienze animali2Zoologia1686.0914.13.125
Bioscienze animali17Biotecnologie e microbiologia applicata1566.0914.13.125
Bioscienze animali1Scienze dell'agricoltura, dei prodotti lattiero-caseari e degli animali636.0914.13.125
Bioscienze animali2Scienza veterinaria1426.0914.13.125
Antropologia6Antropologia903.17515.60.240
Astronomia e Astrofisica1Astronomia e Astrofisica6832.96310.85.133
Biochimica3Biochimica e Biologia Molecolare29725.78712.34.933
Ingegneria Biomedica2Ingegneria Biomedica8715.5419.01.524
Biofisica3Biofisica7111.6856.63.130
Biologia del cancro53Oncologia2445.4132.02.826
Biologia cellulare e dello sviluppo13Biologia cellulare19514.66710.50.552
Biologia cellulare e dello sviluppo1Biologia dello sviluppo4114.66710.50.552
Ingegneria chimica e biomolecolare1Chimica, applicata719.5615.60.941
Ingegneria chimica e biomolecolare5Ingegneria, Chimica1439.5615.60.941
Psicologia clinica1Psicologia, clinica (scienze sociali)13113.6927.93.304
Psicologia clinica4Psicologia (scienza)7713.6927.93.304
Fisica della materia condensata6Fisica, materia condensata6914.8334.97.273
Criminologia1Criminologia e Penologia696.3481.40.955
Scienze della Terra e Planetarie4Geoscienze, multidisciplinare2009.08914.22.727
Scienze della Terra e del Pianeta5Astronomia e Astrofisica689.08914.22.727
Ecologia, evoluzione e sistematica2Biologia Evolutiva5014.04117.40.440
Ecologia, evoluzione e sistematica2Ecologia16814.04117.40.440
Economia39Economia3713.5916.40.686
Entomologia1Entomologia10113.79614.34.762
Ambiente e risorse5Studi ambientali (scienze sociali)1238.0659.60.563
Ambiente e risorse14Scienze ambientali (scienze)2658.0659.60.563
Economia finanziaria36Finanza aziendale1082.0577.00.167
Economia finanziaria107Economia3712.0577.00.167
Meccanica dei fluidi1Fisica, Fluidi e Plasmi3416.30615.49.190
Meccanica dei fluidi1Meccanica13616.30615.49.190
Scienze e tecnologie alimentari3Scienze e tecnologie alimentari1398.9605.22.615
Genetica5Genetica ed ereditarietà17711.14610.80.500
Genomica e genetica umana15Genetica ed ereditarietà1777.2439.10.955
Immunologia4Immunologia15819.90010.75.875
Diritto e Scienze Sociali18Legge1542.5887.70.233
Diritto e Scienze Sociali20Sociologia1502.5887.70.233
Linguistica23Linguistica1872.0263.31.000
scienza marina2Geochimica e geofisica8516.3596.67.050
scienza marina1Biologia marina e d'acqua dolce10616.3596.67.050
scienza marina1Oceanografia6616.3596.67.050
Ricerca sui materiali19Scienza dei materiali, multidisciplinare31412.53110.62.267
Medicinale6Medicina, ricerca e sperimentazione1389.7168.63.829
Microbiologia9Microbiologia13511.00013.70.967
Neuroscienza9neuroscienze27112.54713.62.130
Scienza nucleare e delle particelle2Fisica, Nucleare198.7789.81.000
Scienza nucleare e delle particelle3Fisica, Particelle e Campi298.7789.81.000
Nutrizione2Nutrizione e Dietetica8910.89714.20.714
Psicologia organizzativa e comportamento organizzativo2Psicologia, applicata8410.9234.41.222
Psicologia organizzativa e comportamento organizzativo2Gestione22610.9234.41.222
Patologia: meccanismi di malattia1Patologia7816.7507.26.500
Farmacologia e Tossicologia1Tossicologia9211.25011.45.793
Farmacologia e Tossicologia5Farmacologia e farmacia27011.25011.45.793
Chimica fisica19Chimica, Fisica15910.63812.13.667
Fisiologia2Fisiologia8119.55611.14.769
Fitopatologia4Scienze delle piante23412.62312.70.478
Biologia Vegetale1Scienze delle piante23419.54013.04.586
Scienze Politiche8Scienze Politiche1804.00011.30.750
Psicologia2Psicologia (scienza)7718.15612.36.367
Psicologia3Psicologia, multidisciplinare (scienze sociali)13818.15612.36.367
Salute pubblica2Pubblico, ambientale e occupazione. Salute (scienze sociali)17016.4639.53.880
Salute pubblica3Pubblico, ambientale e occupazione. Scienza della salute)19316.4639.53.880
Economia delle risorse70Economia3712.7455.80.167
Economia delle risorse48Studi ambientali (scienze sociali)1162.7455.80.167
Economia delle risorse4Economia e politica agricola (scienze)212.7455.80.167
Sociologia 1Sociologia1506.40017.70.767
Statistiche e sua applicazione4Matematica, applicazioni interdisciplinari1065.0953.21.350
Statistiche e sua applicazione2Statistiche e probabilità1245.0953.21.350
Virologia2Virologia378.0213.61.172
Scienza della vista34neuroscienze2715.8973.40.391
Scienza della vista5Oftalmologia605.8973.40.391

OBIETTIVI E AMBITO DEL GIORNALE: Il Revisione annuale della biochimica, in pubblicazione dal 1932, stabilisce lo standard per gli articoli di rassegna in chimica biologica e biologia molecolare. Fin dall'inizio, questi volumi sono stati una risorsa indispensabile sia per i biochimici praticanti che per gli studenti di biochimica.


Un modulo che integra l'insegnamento convenzionale e l'approccio centrato sullo studente per la lettura critica della letteratura scientifica

Uno dei modi ben accettati per introdurre gli studenti universitari al metodo dell'indagine scientifica è introdurli alla letteratura primaria. Un motivo di preoccupazione è che gli studenti universitari delle università indiane non sono generalmente formati per leggere la letteratura primaria. Abbiamo combinato l'insegnamento tradizionale e l'approccio centrato sullo studente in un modulo di 3 giorni per introdurre gli studenti del primo anno alla lettura critica della letteratura primaria. Questo articolo descrive la struttura del modulo, il metodo di valutazione delle prestazioni degli studenti, i risultati dell'apprendimento e il feedback degli studenti. Abbiamo ricevuto feedback positivi dagli studenti e osservato un miglioramento significativo nella loro comprensione della logica e dei risultati del documento di ricerca in esame. Il modulo può essere visto come un esempio di una semplice attività introduttiva per entusiasmare e avviare gli studenti universitari al pensiero scientifico e alla lettura di articoli di ricerca. © 2019 Unione Internazionale di Biochimica e Biologia Molecolare, 47(5):581–588, 2019.

Nome del file Descrizione
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bmb21281-sup-0002-Supinfo2.docxWord documento 2007, 23,2 KB Appendice S1: Informazioni di supporto 2

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Un'attività di laboratorio completa e diretta per risolvere la struttura cristallina tridimensionale di una proteina

Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química, Física/INQUIMAE-CONICET, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, Ciudad Universitaria, C1428EHA Buenos Aires, Argentina

Fundación Instituto Leloir, IIBBA-CONICET, Av. Patricias Argentinas 435, C1405BWE Buenos Aires, Argentina

Plataforma Argentina de Biología Estructural y Metabolómica PLABEM, Av. Patricias Argentinas 435, C1405BWE Buenos Aires, Argentina

A chi deve essere indirizzata la corrispondenza. Tel.: +54 11 5238 7500x2552, Fax: +54 11 5238 7501.E-mail: [email protected] Cerca altri articoli di questo autore

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Astratto

La cristallografia a raggi X fornisce informazioni strutturali delle molecole a livello atomico, essendo una tecnica centrale all'avanguardia della scienza e della tecnologia. Tuttavia, l'insegnamento della cristallografia non viene solitamente implementato nelle lezioni di laboratorio di biochimica a causa della sua complessa esecuzione da parte di utenti non esperti. Qui, riportiamo il flusso di lavoro passo-passo di base eseguito dai cristallografi per risolvere la struttura tridimensionale di una proteina. Tutte queste attività sono state eseguite in un corso per studenti laureati latinoamericani senza precedenti conoscenze sulla cristallografia a raggi X dal titolo "Crystallography in Structural Biology: perché abbiamo bisogno di un cristallo proteico e come lo otteniamo?" Vorremmo condividere la nostra esperienza con la comunità della ricerca educativa, con lo scopo principale di arricchire l'insegnamento della biochimica e della biologia molecolare strutturale eseguendo una serie di interessanti esperimenti di laboratorio e al computer. © 2019 Unione Internazionale di Biochimica e Biologia Molecolare, 47(6):700-707, 2019.

Nome del file Descrizione
bmb21296-sup-0001-TableS1.docxWord documento 2007, 13,2 KB Tabella S1 Parametri di raccolta dati e statistiche di elaborazione
bmb21296-sup-0002-supinfo.docxWord documento 2007, 21,4 KB Appendice S1: Note per istruttori (DOCX)
bmb21296-sup-0003-supinfo.docxWord documento 2007, 73.5 KB Appendice S2: Dispensa dello studente sulla procedura di cristallizzazione e un breve quiz (DOCX)
bmb21296-sup-0004-supinfo.docxWord documento 2007, 37,2 KB Appendice S3: Dispensa per studenti su sostituzione molecolare, costruzione di modelli e tutorial di perfezionamento (DOCX)
bmb21296-sup-0005-supinfo.mtz Documento PDF, 831.9 KB Appendice S4: Ampiezza fattori di struttura (MTZ)
bmb21296-sup-0006-supinfo.pdbDocumento PDF, 66,4 KB Appendice S5: Struttura del lisozima troncato (PDB)
bmb21296-sup-0007-supinfo.fasta Documento PDF, 142 B Appendice S6: Sequenza del lisozima (FASTA)
bmb21296-sup-0008-supinfo.docxWord documento 2007, 12,9 KB Appendice S7: Sequenza di lisozima per la modellazione (DOCX)

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Un modulo di laboratorio di biochimica ispirato alla ricerca, che combina espressione, purificazione, cristallizzazione, risoluzione della struttura e caratterizzazione di una proteina simile alla flavodossina

Molti corsi di laboratorio consistono in esercizi di laboratorio individuali brevi e apparentemente non collegati. Per aumentare la coerenza del corso, la pertinenza e il coinvolgimento degli studenti, abbiamo sviluppato un modulo ispirato alla ricerca e basato su progetti, "Dal gene alla struttura e alla funzione". Questo modulo di biochimica e biologia strutturale della durata di 2,5 settimane copre l'espressione, la purificazione, la risoluzione della struttura e la caratterizzazione delle proteine. Il modulo è incentrato sulla proteina simile alla flavodossina NrdI, coinvolta nell'attivazione del sistema enzimatico batterico ribonucleotide reduttasi. Attraverso un focus approfondito su una specifica proteina, gli studenti apprenderanno le abilità di laboratorio di base necessarie per generare una conoscenza più ampia e ampiezza all'interno del campo. Per quanto riguarda le abilità generiche, gli studenti riportano i loro risultati come un articolo scientifico, con l'obiettivo di imparare a presentare risultati di ricerca concisi e scrivere articoli scientifici. L'attuale progetto ispirato alla ricerca ha il potenziale per essere ulteriormente sviluppato in un progetto più orientato alla scoperta ed esteso per includere altre tecniche di biologia molecolare o caratterizzazioni biochimiche/biofisiche. Nelle valutazioni degli studenti, questo corso di laboratorio ispirato alla ricerca ha ricevuto valutazioni molto alte ed è stato molto apprezzato, in cui gli studenti hanno acquisito esperienza di ricerca per lavori futuri più indipendenti in laboratorio. © 2019 Gli autori. Biochimica e didattica della biologia molecolare pubblicato da Wiley Periodicals, Inc. per conto dell'Unione internazionale di biochimica e biologia molecolare, 47(3):318–332, 2019.

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Proteine ​​mitocondriali: dalla biogenesi alle reti funzionali

I mitocondri sono essenziali per la vitalità delle cellule eucariotiche poiché svolgono funzioni cruciali nella bioenergetica, nel metabolismo e nella segnalazione e sono stati associati a numerose malattie. Recenti studi funzionali e proteomici hanno rivelato la notevole complessità dell'organizzazione delle proteine ​​mitocondriali. I macchinari proteici con funzioni diverse come la traslocazione delle proteine, la respirazione, il trasporto dei metaboliti, il controllo della qualità delle proteine ​​e il controllo dell'architettura della membrana interagiscono tra loro in reti dinamiche. In questa recensione, discutiamo il ruolo emergente del macchinario di importazione della proteina mitocondriale come organizzatore chiave di queste reti proteiche mitocondriali. Le traslocasi preproteiche che risiedono sulle membrane mitocondriali non solo funzionano durante la biogenesi degli organelli per fornire proteine ​​di nuova sintesi alla loro destinazione mitocondriale finale, ma cooperano anche con numerosi altri complessi proteici mitocondriali che svolgono un'ampia gamma di funzioni. Inoltre, queste reti proteiche formano siti di contatto di membrana, ad esempio con il reticolo endoplasmatico, che sono fondamentali per l'integrazione dei mitocondri con la funzione cellulare, e difetti nell'importazione di proteine ​​possono portare a malattie.

Cifre

Figura 1. Panoramica dei mitocondri e del loro...

Figura 1. Panoramica dei mitocondri e delle loro funzioni.

I mitocondri sono costituiti da quattro compartimenti: membrana esterna,...

Figura 2. Vie di importazione delle proteine ​​nei mitocondri.

Figura 2. Vie di importazione delle proteine ​​nei mitocondri.

Cinque principali vie di importazione delle proteine ​​mitocondriali hanno...

Figura 3. Rete di interazione dei complessi respiratori,…

Figura 3. Rete di interazione di complessi respiratori, biogenesi e macchinari per il controllo della qualità.


Rigenerazione cardiaca da cellule staminali endogene e proliferazione dei cardiomiociti: controversie, fallacia e progressi

La cardiopatia ischemica è la principale causa di morte nel mondo. L'infarto miocardico determina una perdita irreversibile di cardiomiociti con conseguente rimodellamento avverso e insufficienza cardiaca. Identificare nuove fonti di cardiomiociti e promuovere la loro formazione rappresenta un obiettivo della biologia cardiaca e della medicina rigenerativa. Nell'ultimo decennio, è stato riportato che molti tipi di presunte cellule staminali cardiache (CSC) rigenerano il miocardio danneggiato differenziandosi in nuovi cardiomiociti. Alcuni di questi CSC sono stati tradotti dal banco al letto con efficacia terapeutica segnalata. Tuttavia, recenti studi di ricerca di base sul tracciamento delle cellule staminali hanno iniziato a mettere in discussione la loro biologia fondamentale e i meccanismi d'azione, sollevando serie preoccupazioni sul potenziale miogenico delle CSC. Esaminiamo la storia dei diversi tipi di CSC nell'ultimo decennio e forniamo un aggiornamento dei recenti studi sul tracciamento cellulare che hanno messo in discussione l'origine e l'esistenza delle CSC. Oltre al potenziale ruolo delle CSC nella rigenerazione del cuore, la proliferazione di cardiomiociti preesistenti ha recentemente ottenuto maggiore attenzione. Questa revisione valuterà anche gli aspetti metodologici e tecnici degli studi passati e attuali sulle CSC e sulla proliferazione dei cardiomiociti, con enfasi sui punti di forza tecnici, sui vantaggi e sui potenziali limiti degli approcci di ricerca. Mentre la nostra comprensione della generazione e della rigenerazione dei cardiomiociti continua ad evolversi, è importante affrontare le carenze e le imprecisioni in questo campo. Ciò si ottiene al meglio abbracciando i progressi tecnologici e metodi migliorati per etichettare i singoli cardiomiociti/progenitori e indagare accuratamente il loro potenziale di sviluppo e l'impegno del destino/discendenza.

Parole chiave: infarto miocardico miociti, cellule staminali cardiache.


Guarda il video: Biokimia. Protein. Pengaruh Alkohol Terhadap Protein. Praktikum Biokimia Unnes (Agosto 2022).