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Come può l'analisi della sequenza stabilire se una sequenza genomica è un gene funzionale o uno pseudogene?


BLASTX di un gene query mostra 5 hit nel mio soggetto, come posso scoprire quali di questi sono espressi e quali sono pseudogeni (usando la sequenza del DNA o mediante analisi di sequenza)?


Non c'è una buona risposta singola geni che sono stati a lungo considerati pseudogeni possono avere una funzione in un insieme molto ristretto di cellule.

Detto questo, alcuni dei migliori indicatori sono; distruzione dell'ORF, accumulo di mutazioni C->T e G->A (metilazione/deaminazione nei mammiferi).

L'espressione probabilmente non è un buon indicatore, perché una volta che inizi a includere RNA lungo non codificante, gli pseudogeni possono essere trascritti, ma potrebbero non avere una funzione di codifica delle proteine ​​(se presente).

Puoi anche misurare la perdita di introni e una coda di poli-A nella sequenza del DNA che è coerente con un retro-pseudogene, ma ciò non significa che lo "pseudogene" non abbia una propria funzione.

Nel complesso, la conservazione evolutiva è l'indicatore più rapido e affidabile, ma alla fine sarebbe necessario un knock-out genetico.

Se hai maggiori informazioni sullo pseudogene, potrebbero esserci altre informazioni utili che potrebbero aiutare a distinguere i due.