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Cinetica di Michaelis-Menten: la misurazione di Km e Vmax apparenti tiene conto delle reazioni concorrenti?

Cinetica di Michaelis-Menten: la misurazione di Km e Vmax apparenti tiene conto delle reazioni concorrenti?



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Sto imparando perché è importante misurare Km e Vmax per ogni configurazione sperimentale perché la misurazione di Km e Vmax "apparente" include inibizioni enzimatiche di cui si potrebbe non essere consapevoli.

Tuttavia, cosa succede se ci sono intere reazioni in corso che stanno consumando il prodotto o il substrato che non sono note? Questi sono accuratamente aggregati nelle misurazioni Km e Vmax?

Ecco alcuni dei link che ho letto: http://www.bio.upenn.edu/media/pdf/courses/F02/BIOL202/Handouts/BIOL202.AppparentKmandVmax.pdf

http://en.wikipedia.org/wiki/Enzyme_inhibitor


Hai mai sentito parlare di qualcosa conosciuto come "Il rasoio di Occam"?

Dice che quando hai più spiegazioni/ipotesi possibili, seleziona quella più semplice (cioè il minor numero di ipotesi)

Stessa cosa con i modelli matematici. I modelli di cinetica chimica di solito assumono il primo ordine a meno che non ci siano prove contrarie. Allo stesso modo, per la cinetica enzimatica, finché non pensi che stia succedendo qualcosa di anomalo, usa il modello Michaelis-Menten.

Cosa succede se ci sono intere reazioni in corso che stanno consumando il prodotto o il substrato che non sono note?

Molte reazioni fisiologiche catalizzate da enzimi sono non Michaelis-Menten. Se ti capita di avere un'idea al riguardo o se le simulazioni non corrispondono ai dati sperimentali, puoi rivedere il modello.

Tuttavia, esiste il modello Michaelis-Menten per l'inibizione competitiva, come tu stesso indichi nel link.


Come disse Arthur Kornberg: "Non sprecare il pensiero pulito su enzimi sporchi".

La scoperta di un saggio per un evento biologico in un estratto privo di cellule apre la strada alla sua risoluzione e ricostituzione molecolare (Comandamento I). Cercare di escogitare un meccanismo con un estratto grezzo, anche con esperimenti ingegnosi, è generalmente uno spreco di energie. Un estratto è troppo sporco; la purificazione è l'unica strada da percorrere.

Aggiunto in risposta a un commento di Dexter:

Kornberg citava Efraim Racker. E in ogni caso il mio link originale è morto.


La risposta è no, ma alcune varianti potrebbero permetterti di studiare l'inibizione.

Le cinetiche di Michaelis Menten sono esperimenti che cercano di caratterizzare le caratteristiche di catalisi di una reazione ma per farlo i numeri si ottengono a concentrazioni di substrato che non si trovano in una cellula.

Vmax è definita come la velocità massima alla quale viene eseguita la reazione in questione. Per misurare ciò, anche la concentrazione del substrato è massima: i siti di legame degli enzimi devono essere completamente occupati durante l'intero esperimento. Quindi, per definizione, qui non è possibile alcuna reazione competitiva.

Km è una costante di legame ottenuta dove la velocità di reazione risulta essere la metà di Vmax. Questa definizione è esente da qualsiasi reazione in competizione. Puoi usare la cinetica di Michaelis Menten per studiare l'inibizione competitiva e confrontando una velocità di reazione e confrontandola con la velocità di reazione (chiamata Vo) puoi derivare un Ki che ti dà quanto il tuo inibitore ha influenzato il legame con il substrato.


Guarda il video: Gráficos de Michaelis-Menten e Lineweaver-Burk no EXCEL (Agosto 2022).