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Alternative a NCBI BLAST durante gli arresti del governo degli Stati Uniti?

Alternative a NCBI BLAST durante gli arresti del governo degli Stati Uniti?



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Molti biologi molecolari sono abituati a rivolgersi a NCBI BLAST per ricerche BLAST rapide e senza problemi delle loro sequenze genetiche o proteiche.

Tuttavia, durante l'ultimo arresto del governo americano nel 2013, BLAST è stato reso inutilizzabile a causa della mancanza di fondi.

Il presidente in carica sta anche minacciando di chiudere il governo se i finanziamenti per il muro di confine messicano non saranno approvati dai democratici.

Quali sono alcune alternative per NCBI BLAST che sono ragionevolmente veloci, facili da usare e che non sarebbero rese inutilizzabili in caso di arresti del governo americano? Idealmente, gli strumenti dovrebbero comprendere tutte le sottofunzioni standard di BLAST (pblast, PSI-blast, ecc.).


b.nota è corretto - Aggiungo ulteriormente alla sua risposta. Il Collaborazione internazionale del database delle sequenze di nucleotidi (INSDC) è un consorzio tra DNA Data-bank of Japan (DDBJ), EMBL-EBI e NCBI. I contributi a ciascuno dei 3 database sono condivisi su quotidianamente.

(Grazie a @KonradRudolph) Da quando EMBL-EBI non è direttamente responsabile nei confronti di un singolo governo finanziariamente o in termini di direzioni di ricerca, quindi un arresto (temporaneo) equivalente a quello dell'NCBI è molto meno probabile. Piuttosto, come il CERN, è un'organizzazione di trattati internazionali e quindi probabilmente molto più solida.

RAFFICA

Rispondendo alla parte 2 della tua domanda: SÌ! BLAST è disponibile sia in DDBJ che in EMBL-EBI ai seguenti link:

  1. BLAST - DDBJ
  2. NCBI BLAST+

Scopo

Ecco cosa dice il sito web di INSDC sul suo scopo:

INSDC copre lo spettro delle letture di dati grezzi, attraverso allineamenti e assiemi fino all'annotazione funzionale, arricchito con informazioni contestuali relative a campioni e configurazioni sperimentali.

La seguente tabella (presa dal sito web dell'INSDC) può aiutarti ad avere una migliore comprensione del confronto dei rispettivi tipi di dati per 3 contributori:


BLAST può essere localizzato sulla tua macchina. Ci sono tutorial, come Run-Blast-Local forniti da NCBI. Nota: sarà necessario scaricare tutti i database su cui si desidera eseguire il BLAST in locale. Altre opzioni per identificare gli ORF e cercare di identificare potenziali geni includono: USEARCH, VSEARCH (entrambi affermano di essere altrettanto veloci o più veloci).

Se scarichi interi database, ad esempio il nr db, l'esecuzione di BLAST in locale sarà molto più lenta che tramite un browser. Immagino che la creazione di database personalizzati e più specifici lo accelererebbe notevolmente (anche se non posso confermare perché non sono arrivato così lontano nella mia ricerca).


Penso che tramite l'Europa (EBI) sarà un'opzione, ma non sono sicuro che utilizzi il server americano o se venga eseguito su server europei.


Se l'università ha anche il dipartimento di informatica, possono configurare il server BLAST per l'università senza problemi.

Il server deve solo acquisire l'input dal modulo e rendere l'output come testo semplice, un'attività facile che può essere implementata con un'ampia gamma di linguaggi di programmazione, framework server e sistemi operativi, da Java a .NET, da Apache a node .js. Limita solo gli IP per il campus per evitare abusi da parte.

Chiedere agli informatici eliminerebbe il problema che potrebbe essere difficile eseguire BLAST localmente per ciascun biologo separatamente. Questo può anche essere reso un compito per gli studenti, in seguito mettendo il vincitore sul web.


20 credenze liberali corrosive che stanno distruggendo l'America

Non ci sono persone perfette oltre a Gesù e noi conservatori abbiamo sicuramente la nostra parte di difetti. Tuttavia, la stragrande maggioranza dei gravi problemi che abbiamo in America sono il risultato di convinzioni liberali. Ciò non significa che non ci siano alcuni conservatori che sono cattivi attori o che ogni liberale crede a tutto in questa lista, ma ogni convinzione corrosiva che stai per vedere è mainstream a sinistra. A meno che i liberali non riescano a riformarsi da soli o, meno probabilmente, possano essere relegati ai margini, è improbabile che il paese sopravviva ai danni che questo tipo di convinzioni faranno cumulativamente alla nostra società nei prossimi decenni. Molti liberali credono...

1) È accettabile accusare le persone di razzismo senza prove e senza conseguenze se ti sbagli.

2) Che puoi cambiare genere solo perché decidi di farlo e che, peggio ancora, tutti gli altri devono ignorare la scienza e la biologia e fingere di essere qualsiasi genere tu affermi di essere anche se non è vero.

3) Che il modo corretto di trattare con le persone che dicono cose su cui i liberali non sono d'accordo è censurarle e impedire loro di far sentire le loro opinioni.

4) Che possiamo avere una società multiculturale e multirazziale, mentre i liberali incoraggiano simultaneamente tutti questi gruppi a separarsi e ad odiare i membri di altri gruppi.

5) Che l'unico motivo per cui qualcuno potrebbe non essere d'accordo con una politica liberale è l'odio e il bigottismo.

6) Che le persone non dovrebbero cercare di imparare dai ricchi e dal successo perché quelle persone devono aver imbrogliato in qualche modo per essere andati avanti.

7) Che la politica deve essere parte di TUTTO, dall'intrattenimento, agli sport professionistici, agli affari, all'istruzione. Ovunque i liberali ottengano un punto d'appoggio, la prima cosa che fanno è usarlo in modo aggressivo per sbatterti in faccia le opinioni liberali radicali.

8) Che va bene per gli uomini in età universitaria essere etichettati come stupratori in un tribunale di canguri universitari che è accatastato contro di loro sulla base di prove inconsistenti.

9) Che non c'è differenza tra un immigrato che segue le nostre leggi e viene qui legalmente e un clandestino che viene qui illegalmente, acquisisce documenti falsi e non parla nemmeno la nostra lingua.

10) Quel socialismo, che si è rivelato un disastro economico in tutto il mondo, è superiore al capitalismo, che ha innegabilmente tirato fuori dalla povertà più persone di qualsiasi altro sistema economico conosciuto dall'uomo.

11) Quel grande governo è la risposta a ogni problema, anche se non possiamo mai ritenerlo responsabile dei suoi infiniti fallimenti, scarse prestazioni e costi fuori controllo.

12) Che possiamo prendere in prestito tutto il denaro che vogliamo, per sempre, senza conseguenze o senza doverlo mai restituire.

13) Che i media non si limitano a riportare fatti o a raccontare alla gente cosa è successo. Al contrario, per i liberali, il mondo delle notizie non è altro che un modo per diffondere propaganda utile alla loro causa e ferisce l'altra parte.

14) Se hai bisogno di uno "spazio sicuro", vuoi "pronomi personali" o pensi di essere di un sesso diverso da come sei nato, i liberali credono che sia il problema di tutti gli altri, non il tuo problema. Credono che sia responsabilità di tutti gli altri occuparsi dei tuoi problemi personali, debolezze e mancanze invece della tua responsabilità di affrontare i tuoi problemi.

15) Che nonostante il fatto che l'America sia la nazione più prospera e di maggior successo della storia, in realtà è un paese terribile, orribile, pieno di odio, ingiusto e razzista che deve essere cambiato da cima a fondo.

16) I grandi eroi americani del passato che hanno cambiato questo paese in meglio dovrebbero essere insultati perché nutrivano alcune credenze che erano normali per i tempi in cui vivevano, ma che oggi troviamo repellenti.

17) Che le persone che non sono d'accordo con loro su questioni scientifiche, "non credono nella scienza".

18) Che un agente di polizia che uccide un uomo di colore violento e armato che li attacca automaticamente è andato troppo oltre ed è razzista se capita che siano bianchi.

19) Va bene per i manifestanti saccheggiare, ribellarsi, attaccare le persone con cui non sono d'accordo e infrangere la legge, praticamente impunemente, purché protestino per una causa con cui i liberali sono d'accordo.

20) Che ogni cosa buona che hai detto, fatto e realizzato è meno importante di un brutto scherzo o di un tweet offensivo, anche se l'hai detto anni fa.


RECENTI SVILUPPI

Aggiornamenti della letteratura

La mia bibliografia

La mia bibliografia è uno strumento che consente ai ricercatori di gestire e condividere una raccolta online delle proprie citazioni e, se del caso, associare queste citazioni a sovvenzioni (www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53595/). L'interfaccia La mia bibliografia ora offre nuove funzionalità che facilitano il processo di aggiunta di nuove citazioni. La pagina principale della bibliografia ora contiene un pulsante "Aggiungi da PubMed" che apre una finestra di ricerca PubMed in modo che gli utenti possano aggiungere citazioni senza uscire dalla loro bibliografia. Inoltre, un pulsante "Carica un file" consente agli utenti di caricare un ampio set di citazioni in formato RIS (Research Information Systems).

SciENcv

SciENcv è un sistema online che consente ai ricercatori di conservare i biosketch presentati con le domande di sovvenzione (www.ncbi.nlm.nih.gov/sciencv/). Simile a My Bibliography, SciENcv ora consente agli utenti di cercare PubMed da SciENcv e aggiungere citazioni. Questo può essere fatto nella sezione "Dichiarazioni personali" o "Contributi". Inoltre, SciENcv ora supporta il formato Biosketch utilizzato dall'Institute of Educational Sciences (IES) presso il Department of Education.

Aggiornamenti sulla salute

Rilevamento del patogeno NCBI

Il NCBI Pathogen Detection Project (www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/) integra sequenze genomiche di patogeni batterici originari di alimenti, fonti ambientali e pazienti. Raggruppa e identifica rapidamente le sequenze correlate per scoprire potenziali fonti di contaminazione alimentare, aiutando gli scienziati della sanità pubblica a indagare sui focolai di malattie di origine alimentare. Questa pipeline è in funzione dal 2013, quando FDA, CDC e ora USDA hanno deciso di sequenziare tutto Listeria isolati raccolti negli Stati Uniti e inviare i dati in tempo reale all'NCBI come parte di un progetto pilota. Il successo del progetto, con una riduzione delle dimensioni dei cluster di focolai e l'identificazione di più cluster, significa che tutti i principali patogeni batterici di origine alimentare (Campylobacter, Escherichia coli e Shigella sp., Listeria e Salmonella) dovrebbero essere sequenziati in tempo reale negli Stati Uniti entro il prossimo anno. Dal 2013 sono stati aggiunti numerosi altri agenti patogeni nell'ambito di diversi altri progetti, compresi gli sforzi per identificare gli organismi di resistenza antimicrobica (vedere un elenco completo sulla home page di rilevamento dei patogeni). Una volta che le agenzie di sanità pubblica inviano i dati di sequenziamento grezzi per ciascun isolato al Sequence Read Archive (SRA), l'NCBI assembla le sequenze e raggruppa i genomi risultanti mediante clustering a collegamento singolo utilizzando distanze SNP e una soglia di 50 SNP. Quindi, all'interno di ciascun cluster, viene costruito un albero filogenetico. L'insieme di agenti patogeni può essere ricercato e sfogliato utilizzando il Pathogen Isolates Browser (www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/isolates/#/search/). Questo strumento consente agli utenti di sfogliare gli isolati in base ai propri metadati, ad esempio se l'isolato proviene da una fonte clinica o ambientale, la sua posizione geografica o la data di raccolta. Per quegli isolati che si trovano entro 50 SNP da qualsiasi altro isolato, lo strumento integra questi metadati con collegamenti all'albero SNP per ciascun isolato. Al 1° settembre 2016, questo progetto ha processato 88 170 agenti patogeni. Questo sistema consente ai funzionari della sanità pubblica di determinare rapidamente la parentela genetica degli isolati per aiutare nelle indagini di tracciabilità dei focolai, migliorando così la sicurezza dell'approvvigionamento alimentare.

Database di riferimento del gene della resistenza antimicrobica

Il team NCBI Pathogen Detection ha costruito un database di riferimento di geni e proteine ​​di resistenza acquisiti (www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA313047/). Questo set di dati integra risorse curate da diversi collaboratori con nuove sequenze che vengono inviate per la registrazione degli alleli. L'NCBI ora ospita il registro degli alleli beta lattamasi precedentemente ospitato presso la Lahey Clinic ed è responsabile dell'assegnazione di molte famiglie di beta lattamasi (www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/submit_beta_lactamase/). Per fornire il set di dati più completo dei meccanismi di resistenza acquisiti, gli alleli appena rilasciati sono integrati nel set di dati di riferimento insieme a sequenze coinvolte in altri meccanismi di resistenza antimicrobica che sono stati curati da RefSeq o da diversi collaboratori esterni. Attualmente, questo set di dati non include la resistenza derivante da mutazioni puntiformi nei geni domestici o da promotori che aumentano l'espressione. A partire dal 1 settembre 2016, il database consisteva di 3423 record curati e si prevede che tale numero aumenterà di diverse centinaia entro la fine dell'anno. La pipeline di annotazione del genoma procariotico dell'NCBI utilizza modelli Markov nascosti (HMM) curati dal set di riferimento antimicrobico per identificare i geni e le proteine ​​di resistenza antimicrobica al livello più specifico possibile (allele esatto o famiglia di proteine ​​generale) e aiuta nell'annotazione e nell'identificazione di agenti patogeni resistenti come parte della pipeline NCBI Pathogen Detection.

Aggiornamenti sul genoma

Identificatori di sequenza

Come descritto altrove (1), l'NCBI sta eliminando gradualmente la pratica di assegnare numeri GI come identificatori per i record nei database di sequenza (Nucleotide, EST, GSS, Popset e Protein). Questa decisione è stata presa in risposta a diversi fattori, tra cui la dimensione in rapida crescita dei database delle sequenze e il fatto che molti record WGS e TSA non hanno mai avuto numeri GI. Il passaggio a accession.version come identificatore primario fornisce quindi un metodo coerente per identificare e verificare le versioni di tutti i record di sequenza presso l'NCBI. Nei prossimi mesi, ai nuovi record di sequenza verranno assegnati solo questi identificatori accession.version. Va sottolineato che i numeri GI esistenti non verranno rimossi dai dati: i record che hanno sia un accession.version che un identificatore GI conserveranno entrambi gli identificatori a tempo indeterminato e saranno recuperabili da entrambi gli identificatori, sebbene i numeri GI non appariranno più in GenBank e Viene visualizzato il formato FASTA. NCBI sta aggiungendo il supporto per gli identificatori accession.version a tutti i servizi che non li supportano ancora. Man mano che questo processo si sviluppa, NCBI pubblicherà annunci sulle nostre piattaforme di notizie e social media, nonché nelle note di rilascio di GenBank.

Assemblea

Il database dell'Assemblea ( 4) è una raccolta di assemblaggi genomici sia di procarioti che di eucarioti e ora include anche dati provenienti da metagenomi. I record di assemblaggio hanno anche visualizzazioni più ricche che includono, ove applicabile, nomi comuni di organismi, indicazioni che un set di dati procarioti è stato derivato da materiale di tipo e segnalazioni di anomalie o altri motivi per cui un determinato set di dati non è stato incluso nel database Sequenze di riferimento (RefSeq) . Molti record di assemblaggio eucariotico per genomi annotati forniscono collegamenti a NCBI Genome Data Viewer (vedi sotto). Gli utenti che cercano un assieme troveranno ora utili filtri della barra laterale che possono limitare i risultati della ricerca per gruppo di organismi, stato, livello di assieme e altro.

Visualizzatore di dati genomici

L'NCBI Genome Data Viewer (GDV) (www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/help/) è uno strumento potente e flessibile per visualizzare i dati nel contesto di un genoma eucariotico annotato. GDV utilizza diversi "widget" che offrono funzioni particolari, come la visualizzazione dell'ideogramma di un genoma e la selezione di un singolo cromosoma da visualizzare, la ricerca di posizioni o annotazioni, il caricamento di dati esterni su tracce definite dall'utente, l'aggiunta o la rimozione di tracce di dati NCBI, la visualizzazione e la navigazione alle caratteristiche di interesse e, infine, la visualizzazione di una data porzione del cromosoma selezionato insieme al set di tracce di dati attualmente selezionato. L'accesso a GDV è fornito sia da Assembly che da GEO (Gene Expression Omnibus), e il punto di accesso determina i dettagli delle viste. I record di assemblaggio che supportano i display GDV hanno un collegamento "Visualizza il genoma" nella barra laterale destra.

Genoma

Il database Genome ora offre un browser degli organismi rivisto che fornisce alberi di distanza precalcolati per tutti i genomi procarioti (www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/). Inoltre, l'NCBI continua ad aggiornare il sito FTP Genome (ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/) migliorando l'organizzazione dei dati e ampliando i tipi di dati disponibili. Per gli assiemi con annotazione, ora vengono forniti file che contengono tutte le sequenze di codifica annotate (CDS) e le funzioni RNA, insieme a file contenenti hash di annotazione che consentono agli utenti di monitorare facilmente le modifiche alle annotazioni. Per riflettere i metagenomi ora disponibili nel database Assembly, una nuova directory FTP contiene questi dati (ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/metagenomes/). Queste e molte altre modifiche sono completamente descritte nel file Genome FTP README (ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/README.txt).

Aggiornamenti BLAST

Nel 2016, NCBI ha rilasciato una nuova home page per BLAST (Basic Local Alignment Search Tool, blast.ncbi.nlm.nih.gov) con un design più pulito che enfatizza gli strumenti comunemente usati e fornisce un accesso più facile a una varietà di strumenti specializzati di analisi delle sequenze. Una casella di ricerca "BLAST Genomes" consente agli utenti di trovare pagine e database BLAST genomici appropriati per un organismo di interesse e collegamenti chiaramente etichettati forniscono accesso al software e ai database BLAST per il download, all'API BLAST e alle istanze BLAST presso i provider cloud. Strumenti specializzati, come Primer-BLAST, l'allineatore globale Needleman-Wunsch, IgBLAST ( 5) e COBALT ( 6) (produce allineamenti di sequenze multiple di proteine), ora hanno collegamenti più evidenti e leggibili sulla pagina.

Anche il rapporto sulla tassonomia BLAST è stato rivisto per migliorare la navigazione. La pagina del report complessivo contiene ancora tre report individuali, ma ora ogni report è comprimibile. Il Lineage Report mostra una vista tassonomica dei risultati BLAST che enfatizza l'organismo con la corrispondenza più forte misurata dal punteggio BLAST. Il Report Organismo raggruppa le corrispondenze BLAST per organismo e fornisce collegamenti ai singoli allineamenti per ciascuna sequenza di abbinamento. Infine, il Rapporto tassonomico presenta una classificazione ad albero tassonomico tradizionale dei risultati BLAST, enfatizzando quei nodi tassonomici che contengono il maggior numero di corrispondenze.

Anche il punteggio delle ricerche web BLAST è stato aggiornato. Le ricerche Web BLAST ora valutano un residuo di selenocisteina come un residuo di cisteina invece che come residuo ambiguo. I risultati del dominio conservato (CDD) presentati con una ricerca blastx utilizzando RPS-tblastn ora utilizzano statistiche basate sulla composizione per ridurre il numero di falsi positivi (7).

Aggiornamenti sulle proteine

ICn3D

Nell'aprile 2016 NCBI ha rilasciato iCn3D, un'applicazione basata su WebGL che fornisce visualizzazioni interattive di strutture tridimensionali di macromolecole e sostanze chimiche (www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/docs/icn3d_about.html). Questa nuova applicazione fornisce funzionalità simili a quelle di Cn3D ( 8), il visualizzatore di strutture standalone di NCBI, tuttavia, iCn3D viene eseguito direttamente nei browser Web e quindi non richiede agli utenti di installare un'applicazione. Ora sia Cn3D che iCn3D sono collegati dalle pagine dei record del database di modellizzazione molecolare (MMDB) dell'NCBI e dalle pagine dei risultati VAST (Vector Alignment Search Tool). Gli utenti possono incorporare viste iCn3D nelle proprie pagine Web e possono anche scaricare il codice sorgente (github.com/ncbi/icn3d).

HistoneDB 2.0

"HistoneDB 2.0-with varianti" è un nuovo database di sequenze di proteine ​​istoniche classificate per tipi e varianti di istoni (9). Il database contiene un insieme curato manualmente di sequenze di istoni raggruppate in 30 diversi sottoinsiemi di varianti con annotazioni specifiche per le varianti. Questo set è integrato da un set di sequenze istoniche estratto automaticamente dai database di sequenze proteiche dell'NCBI. Il sito web interattivo supporta varie strategie di ricerca: navigazione di alberi filogenetici generazione su richiesta di allineamenti di sequenze multiple con annotazioni di caratteristiche, classificazione di sequenze simili a istoni e navigazione della diversità tassonomica per ogni variante istonica.

MutaBind

MutaBind è una nuova risorsa computazionale che valuta gli effetti delle varianti di sequenza e delle mutazioni della malattia sulle interazioni proteiche e calcola i cambiamenti quantitativi nell'affinità di legame (10). Il metodo MutaBind utilizza campi di forza della meccanica molecolare, potenziali statistici e algoritmi veloci di ottimizzazione della catena laterale. Il server MutaBind mappa e visualizza le mutazioni su un complesso proteico strutturale, calcola i cambiamenti associati nell'affinità di legame, stima la confidenza della previsione e produce un modello del mutante per il download.

Aggiornamenti chimici

PubChem (11), una risorsa che si concentra sulle piccole molecole e sui loro ruoli come agenti diagnostici e terapeutici, ha introdotto diversi miglioramenti nell'ultimo anno. PubChem ora fornisce viste dei riepiloghi sulla sicurezza chimica di laboratorio che contengono dati sulla salute e la sicurezza per i record dei composti PubChem con una classificazione di rischio GHS (sistema globale di classificazione ed etichettatura delle sostanze chimiche armonizzato). Questi rapporti sono collegati accanto al campo "Riepilogo sicurezza" nella parte superiore della pagina del record di un composto. Anche le pagine dei record di BioAssay sono state ridisegnate in uno stile ottimizzato per i dispositivi mobili simile alle attuali pagine dei composti e delle sostanze. Queste pagine hanno numerosi miglioramenti tra cui tabelle di dati migliorate e capacità di download estese. Ulteriori dettagli su questi e altri sviluppi di PubChem sono disponibili sul blog PubChem (pubchemblog.ncbi.nlm.nih.gov).


Contenuti

Origini Modifica

Nel 1887 fu istituito un laboratorio per lo studio dei batteri, il Laboratorio Igienico, all'interno del Servizio Ospedaliero Marittimo, che all'epoca stava ampliando le sue funzioni oltre il sistema degli Ospedali Marini nei programmi di quarantena e di ricerca. Inizialmente si trovava presso il New York Marine Hospital di Staten Island. [12] [13] [14] Nel 1891, si trasferì all'ultimo piano del Butler Building a Washington, D.C. Nel 1904, si trasferì di nuovo in un nuovo campus presso l'Old Naval Observatory, che crebbe fino a includere cinque edifici principali. [15]

Nel 1912 il Servizio Ospedaliero Marino diventa Servizio Sanitario Pubblico. Nel 1922, ha istituito un laboratorio di indagini speciali sul cancro presso la Harvard Medical School. Questo ha segnato l'inizio di una partnership con le università. Nel 1930, l'Hygienic Laboratory fu rinominato National Institute of Health dal Ransdell Act e ricevette $ 750.000 per costruire due edifici NIH. [14]

Storia successiva Modifica

Nei decenni successivi, il Congresso aumenterebbe notevolmente i finanziamenti del NIH e furono creati vari istituti e centri all'interno del NIH per programmi di ricerca specifici. [14] Nel 1944 fu approvato il Public Health Service Act e il National Cancer Institute divenne una divisione del NIH. Nel 1948, il nome cambiò da National Institute of Health a National Institutes of Health.

Negli anni '60, il virologo e ricercatore sul cancro Chester M. Southam ha iniettato cellule tumorali HeLa nei pazienti del Jewish Chronic Disease Hospital. [16] : 130 Quando tre medici si sono dimessi dopo aver rifiutato di iniettare i pazienti senza il loro consenso, l'esperimento ha guadagnato una notevole attenzione da parte dei media. [16] : 133 Il NIH era una delle principali fonti di finanziamento per la ricerca di Southam e aveva richiesto a tutte le ricerche che coinvolgevano soggetti umani di ottenere il loro consenso prima di qualsiasi sperimentazione. [16] : 135 Indagando su tutte le istituzioni beneficiarie, il NIH ha scoperto che la maggior parte di esse non proteggeva i diritti dei soggetti umani. Da allora in poi, il NIH ha richiesto a tutte le istituzioni beneficiarie di approvare qualsiasi proposta di ricerca che coinvolgesse la sperimentazione umana con i comitati di revisione. [16] : 135

Nel 1967, è stata creata la Divisione dei programmi medici regionali per amministrare sovvenzioni per la ricerca su malattie cardiache, cancro e ictus. Nello stesso anno, il direttore del NIH fece pressioni sulla Casa Bianca per un aumento dei finanziamenti federali al fine di aumentare la ricerca e la velocità con cui i benefici per la salute potevano essere portati alle persone. È stato formato un comitato consultivo per supervisionare l'ulteriore sviluppo del NIH e dei suoi programmi di ricerca. Nel 1971 la ricerca sul cancro era in pieno vigore e il presidente Nixon firmò il National Cancer Act, avviando un National Cancer Program, il President's Cancer Panel, il National Cancer Advisory Board e 15 nuovi centri di ricerca, formazione e dimostrazione. [17]

I finanziamenti per il NIH sono stati spesso fonte di contesa al Congresso, fungendo da proxy per le correnti politiche dell'epoca. Nel 1992, il NIH comprendeva quasi l'1% del budget operativo del governo federale e controllava oltre il 50% di tutti i finanziamenti per la ricerca sanitaria e l'85% di tutti i finanziamenti per gli studi sulla salute nelle università. [18] Mentre i finanziamenti governativi per la ricerca in altre discipline sono aumentati a un ritmo simile all'inflazione dagli anni '70, i finanziamenti per la ricerca per il NIH sono quasi triplicati negli anni '90 e all'inizio degli anni 2000, ma da allora sono rimasti relativamente stagnanti. [19]

Negli anni '90, l'attenzione del comitato NIH si era spostata sulla ricerca sul DNA e aveva lanciato il Progetto Genoma Umano. [20]

il NIH Ufficio del Direttore è l'ufficio centrale responsabile della definizione delle politiche per gli NIH e della pianificazione, gestione e coordinamento dei programmi e delle attività di tutti i componenti degli NIH. Il direttore NIH svolge un ruolo attivo nel plasmare le attività e le prospettive dell'agenzia. Il Direttore è responsabile di fornire una guida agli Istituti e ai Centri identificando i bisogni e le opportunità, specialmente negli sforzi che coinvolgono più Istituti. [21] All'interno di questo Ufficio si trova la Divisione di coordinamento del programma, pianificazione e iniziative strategiche con 12 divisioni, tra cui:

La ricerca intramurale viene condotta principalmente nel campus principale di Bethesda, Maryland e Rockville, nel Maryland, e nelle comunità circostanti.


Valutare il rischio che le navi colpiscano grandi balene nella pianificazione dello spazio marino

La pianificazione dello spazio marino fornisce un quadro completo per la gestione di molteplici usi dell'ambiente marino e ha il potenziale per ridurre al minimo gli impatti ambientali e ridurre i conflitti tra gli utenti. Le valutazioni spazialmente esplicite dei rischi per le specie marine chiave derivanti dalle attività umane sono un requisito della pianificazione dello spazio marino. Abbiamo valutato il rischio che le navi colpiscano megattere (Megaptera novaeangliae), balene azzurre (Balaenoptera musculus) e pinne (Balaenoptera physalus) in rotte di navigazione alternative derivate da modelli di traffico marittimo al largo della California meridionale (U.S.A.). In particolare, abbiamo sviluppato modelli di habitat delle balene e abbiamo ipotizzato che il rischio di sciopero delle navi per le rotte di navigazione alternative fosse proporzionale al numero di balene previste dai modelli all'interno di ciascuna rotta. Questa definizione di rischio presuppone che tutte le navi viaggino all'interno di un'unica rotta. Abbiamo anche calcolato il rischio assumendo che le navi viaggino su più rotte. Abbiamo stimato il potenziale conflitto tra la navigazione e altri usi (addestramento militare e pesca) a causa della sovrapposizione con le rotte. Abbiamo anche stimato la sovrapposizione tra rotte marittime e aree protette. La rotta con il rischio più basso per le megattere presentava il rischio più elevato per le balenottere comuni e viceversa. Il rischio per entrambe le specie può essere migliorato creando una nuova rotta a sud delle Isole del Canale settentrionali e distribuendo il traffico tra questa nuova rotta e la rotta esistente nel Canale di Santa Barbara. La creazione di un percorso più lungo può ridurre la sovrapposizione tra la spedizione e altri usi concentrando il traffico marittimo. Le balenottere azzurre sono distribuite in modo più uniforme nella nostra area di studio rispetto alle megattere e alle balenottere comuni, quindi il rischio non potrebbe essere migliorato concentrando il traffico marittimo in nessuna delle rotte che abbiamo considerato. Ridurre il rischio di attacchi alle navi per le balene blu potrebbe essere necessario perché la nostra stima del numero potenziale di attacchi suggerisce che è probabile che superino i livelli consentiti di impatti antropici stabiliti dalle leggi statunitensi.

Conservation Biology © 2013 Society for Conservation Biology Nessuna pretesa di opere originali del governo degli Stati Uniti.


Vantaggi e svantaggi del cloud per i progetti biomedici

I costi del cloud variano tra i progetti biomedici e tra i fornitori, quindi definire i requisiti tecnici per il provisioning delle risorse (ad es. quantità di memoria, archiviazione su disco e utilizzo della CPU) è un primo passo importante nella stima dei costi. Ricorda che l'intento dei fornitori di cloud pubblici commerciali è di farti continuare a utilizzare il loro ambiente cloud. Ad esempio, i dati possono essere caricati gratuitamente ma costosi da scaricare, rendendo ancora più importante l'adozione dell'approccio commons nel cloud per ospitare set di dati biologici su larga scala. Questo approccio può soddisfare le esigenze della comunità di produttori di dati, consumatori e amministratori (Fig 1) per migliorare l'accesso e ridurre al minimo la necessità di scaricare set alle istituzioni locali. Per testare questo approccio, NIH ha avviato un progetto pilota sui dati comuni [64] supportando l'hosting di 3 importanti set di dati, vale a dire l'iniziativa Trans-Omics Precision Medicine (TOPMed), il progetto Genotype Tissue Expression (GTEx) e Alliance of Genomics Resource link, un consorzio per database di organismi modello (MODS) nel cloud.

Molti fornitori di servizi cloud mettono a disposizione calcolatori per stimare i costi di utilizzo approssimativi per i rispettivi servizi cloud [65]. Senza alcun punto di riferimento con cui iniziare, la stima dei costi può essere difficile. I fornitori di cloud pubblici commerciali generalmente offrono credito gratuito con nuovi account, che può essere sufficiente per avviare il processo di pianificazione e valutazione. I costi del servizio cloud si basano sull'utilizzo esatto in piccoli incrementi di tempo, mentre i costi di elaborazione in loco vengono generalmente ammortizzati su periodi di 3-5 anni per i sistemi che possono essere utilizzati per più progetti. Sebbene si cerchino spesso confronti dei costi tra l'infrastruttura locale e gli approcci cloud, in pratica tali confronti sono spesso difficili da eseguire in modo efficace a causa della mancanza di dati validi per i costi locali effettivi. Inoltre, i modelli di finanziamento per il cloud computing differiscono tra le istituzioni che ricevono i fondi e gli stessi finanziatori. Ad esempio, l'utilizzo delle risorse cloud può essere soggetto a sovraccarico istituzionale, mentre l'hardware in loco potrebbe non esserlo. Questo non è il miglior uso del denaro dei contribuenti e le agenzie di finanziamento dovrebbero rivedere le loro politiche in merito all'utilizzo del cloud da parte delle istituzioni che addebitano spese generali. Data la crescente competitività nel mercato del cloud, le risorse cloud possono essere negoziabili o disponibili nell'ambito di accordi speciali per la qualificazione di progetti di ricerca e istruzione [66-68].

I ricercatori biomedici in collaborazione con professionisti IT dovranno determinare il modo migliore per sfruttare le risorse cloud per i loro progetti individuali [69]. Il calcolo dei costi per l'utilizzo dell'infrastruttura in sede richiede la determinazione del costo totale di proprietà (TCO). Sia i costi diretti che quelli indiretti contribuiscono al TCO. I costi diretti includono i costi di acquisto di hardware, servizi di rete, data center, elettricità, licenze software e stipendi. I costi indiretti in genere includono servizi di supporto tecnico, gestione dei dati e formazione. I costi istituzionali indiretti variano significativamente a seconda della complessità del progetto. La produttività è una considerazione quando si valutano i costi. Ad esempio, un'intera pipeline genomica in un ambiente cloud, una volta prototipata, può essere scalata per l'elaborazione di interi genomi con conseguente costo umano minimo [70].

L'utilizzo di nodi di elaborazione inattivi nel cloud che sono prerilasciabili è uno dei modi per ridurre i costi di elaborazione, ma con il rischio di aumentare i tempi di elaborazione. Ad esempio, un recente rapporto che utilizza il cloud pilota ISB-CGC dell'NCI per la quantificazione dei livelli di espressione della trascrizione per oltre 12.000 campioni di sequenziamento dell'RNA su 2 diverse configurazioni basate su cloud, basate su cluster o pre-rilasciabili, ha mostrato che il costo per campione when using the pre-emptible configuration was less than half the cost compared to the cluster-based method [71].

Other approaches have used linear programming methods to optimally bid on and deploy a combination of underutilized computing resources in genomics to minimize the cost of data analysis [72].

Cloud environments are pay-as-you-go, whereas research funding for computation is typically given at the beginning of an award and estimated on an annual basis. This can lead to a mismatch between the need for compute and the resources to meet that need. The NIH undertook a cloud credits pilot to assess an alternative funding model for cloud resources, details will be fully described in [73]. Credits were awarded when needed as opposed to up front, thereby matching usage patterns. A simple application and review mechanism available to a funded investigator means credits can typically be awarded in weeks or less. The investigator can choose with which cloud provider to spend the credits, thereby driving competition into the marketplace and presumably increasing the amount of compute that can be performed on research monies.

Cloud credits have focused on incentivizing cloud usage however, a challenge that remains to be addressed is longer term data sustainability in cloud environments. The cost for data management and storage for retaining all the data produced during a research program can be prohibitive as collections become large. One of the ways to proactively tackle this issue is by engaging data producers, consumers, and curators from the beginning of the research data lifecycle process for developing value-based models for data retention, which can be implemented via cloud storage. Based on usage patterns, a policy driven data migration to least expensive cloud storage pools can be adopted. Our perspective is that long-term retention of biomedical data is an excellent venue for public and private institutions to partner together, to explore ways for co-ownership to manage cost and policy that can continue to make research data accessible over time.


Are UFOs Visitors from Space? Government Report Won’t Rule It Out

The truth is out there, but for now, it doesn’t involve extraterrestrial visitors. It could, however, be a foreign power’s technology.

So concludes a forthcoming US government report, whose broad findings leaked earlier this month, on unidentified aerial phenomena (UAP), the current, less X-Files–sounding term for UFOs. The investigation followed sightings and videos recorded in recent years, by fighter aircraft instruments and pilots’ naked eyes, of objects flying at seemingly impossible speed and doing seemingly impossible maneuvers.

UFOs aren’t just the playpen of conspiracy theorists and sci-fi fans: NASA awards grants to reputable scientists seeking real-life ETs, and we’ve been scanning the heavens for signs of artificial signals for decades, says Thomas Bania, a College of Arts & Sciences professor of astronomy. He researches the possibility of life elsewhere, along with many in his field. (“Carl Sagan…owes me money,” he says, a debt he knows he won’t collect, as his celebrity colleague died in 1996.)

Bania and Jack Weinstein, a Pardee School of Global Studies professor of the practice of international security and a retired Air Force lieutenant general, offered their takes on the government’s conclusions for BU Today.

With Thomas Bania and Jack Weinstein

BU Today: Any doubts about the government’s reported conclusion that the recent sightings aren’t extraterrestrials?

Jack Weinstein: I have no expertise in UFOs except for watching Men in Black. I never flew for the Air Force—I was a nuclear and space guy. [Never] did we track something that we thought was a UFO.

My concern with the report is that [it] stated it could be a foreign power’s technology. The UFO sightings dating back into the 󈧶s and 󈨀s were never technology that we were able to see later on from a foreign power. That never materialized later into a foreign nation having a capability like that. I can’t comment on whether they’re UFOs or not, because I don’t want to look like a kook, to be blunt. All I’m saying is that if a foreign power developed technology, then later on we’d see technology like that from them, either in operation or testing.

Thomas Bania: Do any of us believe these are actual flying saucers from outer space? No. [But] there really isn’t enough information to evaluate what is going on.

[The government] shows images of these objects, and they have ruled out extraterrestrial technology. Yet they then say these things have enormous speeds and do maneuvers that are impossible to replicate by our technology. All of those claims require that we know the distance to the target. Think of an airplane—if you look at a 747 in the sky, it doesn’t appear to be moving very fast. It’s going 600 miles an hour, but the rate at which a film of that plane would look [like it’s going] depends on the distance. And [the government’s] not telling us whether they know the distance. These are not [reliable] measurements of speed and acceleration unless they know the distance to the object, and they’re not telling us.

BU Today: Media coverage cited experts who doubt foreign technology could have been invented without our knowing it and that it could have been kept secret.

Weinstein: I won’t go that far. China has developed some good technology much faster than we thought they were going to. To go back: if we think a foreign power has developed a technology, we would have then seen that technology later on in use or in testing.

Bania: I agree with Professor Weinstein that until these recent reports, there has never been any evidence to invoke foreign technology [as UFOs] 90 percent of UFO reports have always had prosaic, natural explanations.

The point is, how do you interpret what these experts are responding to—the enormous speeds and maneuvers? If that’s the case, I agree we would know if somebody had developed some device that could do those maneuvers. I am questioning that interpretation of the data without knowing the distance, there would be no evidence for enormous accelerations and avionic capabilities in terms of maneuverability.

No new technology is required here [to explain recent sightings]. We know how to build things, drones, complex electronics. So do our adversaries. You’re talking to someone who’s responsible for more than half of the UFO reports in Bergen County, N. J., in the late 1960s—my Explorers Boy Scouts specialized in creating UFOs.

BU Today: Vladimir Putin claimed to have developed a super cruise missile. Is it possible he wasn’t blustering?

Weinstein: I don’t trust anything Vladimir Putin says. I put everything in the “bluster” category. If a country has developed a technology that they can use militarily that they don’t want anyone to know anything about, no one is going to ever say anything. We want to surprise the adversary on the battlefield.

Bania: I don’t think you can stealth a cruise missile to radar to the extent that you could a small drone, things the size you could buy at Micro Center in Boston.

BU Today: What’s your best guess as to what these pilots saw?

Weinstein: It could be truly a UFO. I never want to say something could never be. It could be a phenomenon caused by nature—just a weather phenomenon. We learn something new every day, we’re flying at higher altitude than we’ve ever flown before, so maybe we’re seeing things that would look differently at a lower altitude.

My bottom line is: I think everyone who believes in UFOs will see a conspiracy if the government doesn’t say they are UFOs. I can’t believe we’re the most intelligent life-form in the entire universe, ’cause that means the universe is pretty dumb. If I’m an extraterrestrial and I can travel from other planets, I would think they would be smart enough to evade radar.

Bania: It’s just a pure guess, but I would think these things would be electronic warfare. They’re trying to get intelligence of exactly what our weapons systems are capable of doing, the frequencies they use, the encoding of radar transmissions, things they could use to develop countermeasures to render themselves invisible to radar. It would be either Russia or China. I’m more worried about China.

What it isn’t is little green men. If these were extraterrestrials, and they had the technology to traverse the stars and get to Earth, they would play these games? To what end? Land on the goddamn White House lawn and say hello.


INTRODUZIONE

The NCBI Taxonomy Database ( 1) serves as the standard nomenclature and classification for the International Sequence Database (INSD) comprised of GenBank at the NCBI, ENA at the EBI/EMBL and the DDBJ at the NIG in Japan. Sequence from type is an important subset of GenBank for which we can have a very high level of confidence in the taxonomic identifications, and which we can expect to keep current by following the taxonomic literature. This is particularly relevant for the microbes (the prokaryotes and the cultured fungi, algae and protists) where type material is readily available to the research community from the culture collections.

GenBank is an archive of sequence data, particularly important for sequences associated with publications in the scientific literature. In this case the GenBank entries serve as supplementary material to the publication, and are ‘owned’ by the submitter/author. In this role, it is vital to preserve the original data so that the analysis from the paper can be evaluated and replicated. GenBank also serves as the general reference set of sequence data for current research in biology. There is a tension between these two goals. We try to keep sequences and metadata current, and archive versions of every update to the sequence entries to support the archival requirement. We update the taxonomy with respect to synonymy, but rely on the submitters for the correct original taxonomic identification of their specimens and for the appropriate annotation of their source material (in isolate, strain, culture-collection and specimen-voucher qualifiers). This means that there are misidentified sequences in GenBank, and entries with other annotation problems. It is important to have these corrected (or flagged as problematic) to support the reference database requirement. Third-party updates are passed along to the original submitters but are not implemented in GenBank without the submitters’ permission entries with egregious errors may be suppressed or flagged as ‘unverified’. Sequence from type can help to alleviate these problems by providing a backbone of reliably identified sequence data.


INVERTEBRATI

Invertebrate species represent the vast majority of extant metazoans ( 33) however, only a relatively small number are represented by sequenced genomes. This despite the fact that many species have critical biomedical importance such as Anopheles gambiae, a vector for malaria and Biomphalaria glabrata, a vector for schistosomiasis ( 34, 35). Other invertebrates including Apis mellifera, Bombyx mori e Crassostrea gigas have significant commercial value ( 36–38). The RefSeq group has made efforts to increase the number and scope of invertebrate genomes represented in the dataset by providing annotation via the eukaryotic genome annotation pipeline or by propagating annotation from INSDC submissions onto the RefSeq copy of those genomes. For both process flows we are dependent on the public availability of high quality genomes in INSDC databases and NCBI's Assembly database (www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/). To date 46 invertebrate genomes have been annotated by NCBI including representative species of insects, arachnids, mollusks and basal chordates. We anticipate a significant expansion in the number of insect and other invertebrate genomes annotated as a result of genome initiatives such as the i5k ( 39), 1KITE (1K Insect Transcriptome Evolution, http://www.1kite.org/) and the Global Invertebrate Genome Alliance (http://giga.nova.edu/) ( 40).


Informazioni di supporto

S1 Fig. Changes in visitation (as measured by PUD) in the four open parks where visitation increased after the governor’s executive order.

Visitation to Schiff Nature Preserve almost doubled, whereas increases were much more moderate in Bear Creek Preserve, Black River Wildlife Management Area, and Plainsboro Preserve. The numbers in red circles refer to the time periods denoted in Fig 1.

S2 Fig.

(a) Total park visitation (PUD summed across all parks) during the study period (2017–2020) as well as (b) average visitation for parks that were closed or open during the executive order. The black line in (a) reflects the trend in the number of active US Instagram users through time, which was used to detrend PUD values when comparing park usage across years. Note in (a) that Instagram usage has increased through time, and also the distinct seasonality of park visitation. Likewise, note in (b) that parks that were closed during the park shutdown consistently had higher visitation historically than parks that remained open.


Guarda il video: Le teorie del complotto del leader di Io Apro arrestato per lassalto alla CGIL: Cè un.. (Agosto 2022).