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Domande sulla RNA polimerasi

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Sono confuso su terminologia e indicazioni descritto nella trasformazione del DNA in proteine ​​in questo paragrafo.

L'RNA polimerasi legge uno stampo di DNA nella direzione da 3' a 5' per sintetizzare l'RNA nella direzione da 5' a 3'. La trascrizione può avvenire in entrambe le direzioni, ma non in nessuna delle due direzioni da un singolo promotore. L'RNA polimerasi può trascrivere solo in una direzione (da 5' a 3') rispetto alla lettura di un filamento del DNA stampo nella direzione opposta (da 3' a 5'). In generale, ogni promotore recluta l'RNA polimerasi in un particolare sito e indica in quale direzione l'RNA polimerasi si sposterà lungo il DNA. Mentre l'RNA polimerasi si muove, ci sarà solo un singolo filamento che può essere utilizzato come stampo per consentire la sintesi da 5' a 3' di un trascritto.

Frase 1:

Qual è la differenza tra lettura e sintetizzando RNA?

Frase 2:

Qual è la differenza tra sintetizzando e trascrivere?

Frase 3:

Non era solo in contraddizione con la frase 2?

Frase 4:

Se l'RNA polimerasi viene reclutata in un sito verso e diretta a "spostarsi" nel DNA, cosa sta facendo quando "si sposta" (leggendo? sintetizzando? trascrivendo? wtf?).

Frase 5:

La mia comprensione è che questo è il "filo trascritto", non il "filo codificante" del DNA, corretto?

Domanda:

Non capisco questo paragrafo e più lo leggo, più mi confondo. Qualcuno potrebbe chiarire (preferibilmente con immagini)?


Qual è la differenza tra lettura e sintetizzando RNA?

Qual è la differenza tra leggere e scrivere un libro? Sintetizzare RNA significa produrre un RNA basato su una sequenza nel DNA. Leggerlo significa elaborare l'RNA già prodotto. La lettura implica anche che la proteina sarà prodotta in base alla sequenza nell'RNA.

Qual è la differenza tra sintetizzando e trascrivere?

"Sintetizzare" significa produrre qualsiasi molecola chimica. "Trascrivi" è specificamente la sintesi di RNA forma DNA tramite una polimerasi (al contrario, ad esempio, sintesi inorganica di RNA de novo, come si potrebbe fare in un laboratorio di chimica).

Non era solo in contraddizione con la frase 2?

Sta solo dicendo che i geni possono essere orientati in avanti o indietro. I geni inversi sono sul filamento opposto, quindi sono ancora da 5' a 3' (le estremità 5' dei due filamenti sono alle estremità opposte del DNA). Ma ogni gene deve ancora avere un promotore sul lato 5'.

E in realtà, quel bit non è del tutto vero: ci sono promotori bidirezionali che causeranno la trascrizione in entrambe le direzioni.

Se l'RNA polimerasi viene reclutata in un sito verso e diretta a "spostarsi" nel DNA, cosa sta facendo quando "si sposta" (leggendo? sintetizzando? trascrivendo? wtf?).

Di solito, trascriverà (quindi anche sintetizzerà o "leggerà"). Ma tecnicamente, gli RNA pol appartengono a una famiglia di proteine ​​che sono "motori molecolari", nel senso che la loro attività fondamentale è quella di muoversi lungo il DNA passo dopo passo come una scimmietta che sale una scala. Con RNA pols, la sintesi dell'RNA è accoppiata a questo movimento, quindi ogni passaggio sul DNA provoca anche l'aggiunta di una lettera all'RNA che stanno creando.

Inoltre, tecnicamente l'RNA pol non solo si muove e produce DNA, ma svolge anche i due filamenti di DNA e li separa. Ma questo potrebbe essere al di fuori dello scopo del tuo materiale.

La mia comprensione è che questo è il "filo trascritto", non il "filo codificante" del DNA, corretto?

L'RNA esce abbinando la sequenza del gene (eccetto T->U), e viene assemblato attraverso l'appaiamento di basi al DNA. Se si accoppiasse con il filamento su cui si trova il gene, l'RNA verrebbe fuori come complemento inverso del gene. Invece è assemblato sul filamento opposto, che è già il RC del gene. RC di RC di una sequenza è la stessa sequenza. Quindi diciamo che l'RNA è trascritto dal filamento "non codificante", ma tieni presente che queste assegnazioni codifica/non codifica sono arbitrarie e utilizzate solo da noi umani, la cellula non ha una marcatura speciale per esso (oltre il 5 '/3').

Non capisco questo paragrafo e più lo leggo, più mi confondo. Qualcuno potrebbe chiarire (preferibilmente con immagini)?

È molto semplice: il DNA è un dirette (a causa della stringa 5'/3') di ACTG. È accoppiato a un'altra stringa complementare che gli corre di fronte. La sequenza su entrambi i filamenti può essere priva di significato o parti di essa possono codificare geni. I geni sono costituiti da un promotore, una sequenza e un terminatore. I poli di RNA possono scivolare lungo entrambi i filamenti, ma solo nella direzione da 5' a 3', quindi scivoleranno in direzioni opposte su filamenti opposti, come le auto su una strada a doppio senso. Quando l'RNA pol incontra un promotore, inizia a sintetizzare un RNA: separa i due filamenti e lascia che i singoli RNTP si appoggino con il filamento nella direzione opposta, quando lo fanno incollano insieme le loro ossature fosfatiche. Continua a scorrere e a produrre RNA in questo modo finché non raggiunge un'altra sequenza, il terminatore, a quel punto smette di assemblare l'RNA e lo rilascia. L'RNA stacca il DNA e se ne va per la sua via allegra, i due filamenti del DNA che erano stati separati dall'RNA pol si uniscono di nuovo.

Quindi per ogni coppia promotore-terminatore, qualunque sequenza si trovi tra di loro sarà trascritta in un RNA. Questi sono fondamentalmente i geni. Questi geni possono trovarsi su entrambi i filamenti di DNA e devono sempre essere orientati lungo il 5'-3' del filamento su cui si trovano. Quindi i geni su filamenti opposti appariranno "invertiti" l'uno rispetto all'altro.


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RNA e sintesi proteica gizmo risposta chiave pdf.

Fonte: mattbowardaicebiologyportfolio.weebly.com

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Ohm patel rna sintesi proteica nome docx ohm patel, curriculum di matematica avanzata dell'accademia bestia per la scuola elementare, copia di rnaproteinsintesi pdf nome aliyah james date, esplorazione degli studenti rna e chiave di risposta gizmo sintesi proteica.

Fonte: larbyscienceisn.weebly.com

Vocabolario di sintesi di RNA e proteine:

L'esplorazione degli studenti costruisce dna gizmo risposte pdf.

Fonte: s-media-cache-ak0.pinimg.com

O esplorazione dello scopo del dna per.

Fonte: cdn11.bigcommerce.com

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Chiave di risposta al quiz di sintesi di RNA e proteine.

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COME VENGONO GENERATI siRNA 24-nt DCL-INDIPENDENTI?

In Arabidopsis, i siRNA a 24 nt rappresentano la maggior parte degli siRNA dell'intero genoma e svolgono un ruolo di primo piano nella mediazione dell'RdDM. Nel modulo Pol IV-RDR2-DCL3, gli RNA P4 vengono infine elaborati da DCL3 per produrre siRNA a 24 nt. Gli RNA P4 sono per lo più lunghi 26� nt [4,6,7], mentre DCL3 taglia preferenzialmente dsRNA corti da 30 a 50 nt in vitro [9]. Inoltre, gli RNA P4 isolati dal dcl2/3/4 mutante può essere digerito dalla proteina DCL3 purificata, risultando in prodotti siRNA a 24 nt [4]. Queste osservazioni sono tutte coerenti con l'idea che DCL3 sia il fattore responsabile della scissione del precursore dsRNA dipendente da Pol IV in siRNA a 24 nt. Tuttavia, i siRNA a 24 nt sono ancora rilevabili nel dcl2/3/4 piante mutanti, sebbene i loro livelli siano significativamente diminuiti rispetto a quelli del wild-type (WT) [4,6𠄸]. In dcl2/3/4, le proporzioni di siRNA 24-nt, almeno in alcuni loci come AtREP2, sono paragonabili alle proporzioni di piccoli RNA di altre dimensioni [8]. Apparentemente una piccola percentuale di siRNA a 24 nt può essere prodotta indipendentemente dalle DCL 2/3/4 da alcuni fattori non identificati. DCL1 può anche scindere gli RNA P4, come indicato dai livelli più alti di RNA P4 nel mutante quadruplo dcl1/2/3/4 rispetto al mutante quadruplo dcl1/2/3/4. dcl2/3/4 mutante [7,8]. Mentre la produzione di miRNA da 21 nt è una firma dell'elaborazione di piccoli RNA da parte di DCL1, è possibile che siRNA a 24 nt vengano generati quando gli RNA P4 vengono elaborati da DCL1. Tuttavia, il contributo di DCL1 alla produzione di siRNA a 24 nt sarebbe probabilmente trascurabile, poiché i livelli di siRNA a 24 nt sono simili in dcl1/2/3/4 e dcl2/3/4 [7]. In ogni caso, la presenza di siRNA 24-nt in dcl1/2/3/4 dimostra che almeno alcuni siRNA 24-nt possono essere totalmente DCL-indipendenti.

Un possibile produttore di siRNA 24-nt DCL-indipendenti è AGO4, che è noto per possedere attività slicer [10]. AGO2 negli animali può scindere i precursori di miRNA per produrre miRNA maturi in modo indipendente dalla DCL [11]. Allo stesso modo, Arabidopsis AGO4 può scindere gli RNA P4 e produrre direttamente siRNA a 24 nt in modo tale che un RNA precursore P4 produca un siRNA a 24 nt. AGO4 in associazione con un siRNA può scindere gli RNA bersaglio, generando così siRNA secondari [10]. Tale scenario può applicarsi all'accoppiamento complementare mediato da AGO4 tra siRNA e RNA scaffold generati da Pol V, ovvero AGO4 può scindere gli RNA scaffold e quindi generare siRNA 24-nt per rinforzare RdDM. A sostegno di questa inferenza, Pol V contribuisce all'accumulo di siRNA a 24 nt in molti loci. In alternativa all'utilizzo di siRNA come trigger iniziale per scindere gli RNA bersaglio, AGO4 può anche utilizzare gli RNA P4 per localizzare gli RNA bersaglio corrispondenti, che possono essere successivamente tagliati per produrre RNA più corti inclusi siRNA da 21 a 24 nt. La mutazione con perdita di funzione di AGO4 potrebbe non essere adatta per esaminare il ruolo potenziale di AGO4 nella generazione di siRNA 24-nt DCL-indipendenti perché la metilazione del DNA preesistente potrebbe essere richiesta per il reclutamento di Pol V nei loci RdDM [12]. Tuttavia, una forma cataliticamente inattiva di AGO4 nel dcl2/3/4 o dcl1/2/3/4 lo sfondo aiuterà a chiarire come AGO4 può produrre siRNA 24-nt DCL-indipendenti, perché la funzione slicer non è necessaria per la metilazione del DNA mediata da AGO4 in alcuni loci [10].

Oltre alla famiglia DCL, Arabidopsis ha cinque proteine ​​RNase III-like (RTL), tra cui RTL1, RTL2 e RTL3 ospitano entrambi i domini dsRNA-binding e RNase III. Sebbene la funzione delle proteine ​​RTL sia in gran parte sconosciuta, esistono prove del coinvolgimento differenziale di RTL1 e RTL2 nella produzione di siRNA. È stato dimostrato che RTL1 scinde i substrati del dsRNA e la sua sovraespressione ha portato alla perdita quasi completa di siRNA che dipendono da DCL2, DCL3 o DCL4 [13]. Pertanto, è stato proposto che RTL1 funzioni come un soppressore generale della produzione di siRNA, essendo a monte delle proteine ​​DCL distruggendo i precursori di siRNA [13]. RTL2 modula la produzione di siRNA a 24 nt e la metilazione del DNA associata, positivamente in alcuni loci mentre negativamente in altri loci, probabilmente tagliando i precursori di siRNA a doppio filamento in frammenti più corti per l'ulteriore elaborazione da parte delle proteine ​​​​DCL in siRNA maturi di 24 nt [14] . Sarebbe utile determinare se RTL1 compete con DCL3 per gli RNA P4 come substrati e se RTL2 può contribuire alla produzione di siRNA 24-nt DCL-indipendenti.


Domande sulla RNA polimerasi - Biologia

1. Che ruolo svolge la peptidil transferasi nella sintesi proteica?

1. Trasporta il complesso iniziatore aminoacil-tRNA.

2. Aiuta il ribosoma a far avanzare tre nucleotidi lungo l'mRNA nella direzione da 5&prime a 3&prime.

3. Mantiene la proteina nella sua struttura terziaria.

4. Catalizza la formazione di un legame peptidico.

2. Quale fase della sintesi proteica NON richiede energia?

4. Tutte le fasi della sintesi proteica richiedono energia.

3. Le topoisomerasi sono enzimi coinvolti in:

1. Replicazione e trascrizione del DNA.

2. elaborazione post-trascrizionale.

3. Sintesi e traduzione dell'RNA.

4. elaborazione post-traduzionale.

4. Val-tRNA Val è il tRNA che trasporta la valina al ribosoma durante la traduzione. Quale delle seguenti sequenze fornisce un anticodone appropriato per questo tRNA? (Nota: fare riferimento alla Figura 7.5 per una tabella del codice genetico.)

5. I potenziatori sono sequenze regolatorie trascrizionali che funzionano migliorando l'attività di:

1. RNA polimerasi in un singolo sito promotore.

2. RNA polimerasi in più siti promotori.

3. spliceosomi e formazione di lariat nel ribosoma.

4. fattori di trascrizione che si legano al promotore ma non alla RNA polimerasi.

6. Nel codice genetico del DNA nucleare umano, uno dei codoni che specificano l'aminoacido tirosina è UAC. Se un nucleotide viene modificato e il codone viene mutato in UAG, che tipo di mutazione si verificherà?

7. È stato scoperto che un genoma di RNA a doppio filamento isolato da un virus contiene il 15% di uracile. Quale percentuale di guanina dovrebbe esistere nel genoma di questo virus?

8. Quando la tripsina converte il chimotripsinogeno in chimotripsina, alcune molecole di chimotripsina si legano a un repressore, che a sua volta si lega all'operatore e impedisce l'ulteriore trascrizione della tripsina. Questo è più simile a quale dei seguenti operoni?

1. trp operone durante la mancanza di triptofano

2. trp operone durante abbondanza di triptofano

3. lacca operone durante la mancanza di lattosio

4. lacca operone durante l'abbondanza di lattosio

9. Quale delle seguenti molecole o proteine ​​di RNA NON si trova nello spliceosoma durante l'escissione dell'introne?

10.Un bambino di 4 anni affetto da fibrosi cistica (FC) viene visitato dal suo medico per un'infezione delle vie respiratorie superiori. Precedenti test genetici hanno dimostrato che c'è stata una delezione di tre paia di basi nell'esone 10 del CFTR gene che colpisce i codoni 507 e 508. La sequenza nucleotidica in questa regione per gli alleli normali e mutanti è mostrata di seguito (X indica il nucleotide mancante):

numero di codone

Gene normale (filo codificante)

Gene mutante (catena codificante)

11.Quale effetto avrà questa mutazione sulla sequenza amminoacidica della proteina codificata dal CFTR gene?

1. Delezione di un residuo di fenilalanina senza variazione della sequenza C-terminale.

2. Delezione di un residuo di leucina senza variazione della sequenza C-terminale.

3. Delezione di un residuo di fenilalanina con modifica della sequenza C-terminale.

4. Delezione di un residuo di leucina con variazione della sequenza C-terminale.

11.Un gene codifica per una proteina con 150 amminoacidi. C'è un introne di 1000 paia di basi (bp), una regione 5&prime non tradotta di 100 bp e una regione 3&prime non tradotta di 200 bp. Nell'mRNA finale, quante basi si trovano tra il codone di inizio AUG e il codone di terminazione finale?

12. La peptidil transferasi collega il gruppo carbossilato di un amminoacido al gruppo amminico di un amminoacido in entrata. Che tipo di legame si crea in questo legame peptidico?

13. È stato scoperto che una cellula eucariotica mostra una mutazione di troncamento che crea un enzima RNA polimerasi I inattivo. Quale tipo di RNA sarà interessato da questa inattivazione?

14. Hai appena sequenziato un pezzo di DNA che recita come segue:

Quale sarebbe la sequenza di basi dell'mRNA trascritto da questo DNA?

15. L'RNA a doppio filamento non può essere tradotto dal ribosoma ed è contrassegnato per la degradazione nella cellula. Quale dei seguenti filamenti di RNA impedirebbe la trascrizione dell'mRNA maturo nel citoplasma?

1. mRNA identico a quello prodotto

2. mRNA antisenso a quello prodotto

3. mRNA con timina sostituito per uracile

4. Rileva l'mRNA a quello prodotto

Risposte e spiegazioni

1. DLa peptidil transferasi è un enzima che catalizza la formazione di un legame peptidico tra l'amminoacido in entrata nel sito A e la catena polipeptidica in crescita nel sito P. I fattori di inizio e di allungamento aiutano a trasportare molecole di tRNA cariche nel ribosoma e a far avanzare il ribosoma lungo la trascrizione dell'mRNA, come in scelte (A) e (B). Gli chaperon mantengono la forma tridimensionale di una proteina mentre si forma, come in scelta (C).

2. DTutte e tre le fasi della sintesi proteica (inizio, allungamento e terminazione) richiedono grandi quantità di energia.

3. UNLe topoisomerasi, come la DNA girasi, sono coinvolte nella replicazione del DNA e nella sintesi dell'mRNA (trascrizione). La DNA girasi è un tipo di topoisomerasi che potenzia l'azione degli enzimi elicasi mediante l'introduzione di superavvolgimenti negativi nella molecola del DNA. Questi superavvolgimenti negativi facilitano la replicazione del DNA mantenendo i fili separati e districati.

4. CEsistono quattro diversi codoni per la valina: GUU, GUC, GUA e GUG. Attraverso l'accoppiamento delle basi, possiamo determinare che l'anticodone corretto deve terminare con "AC". Ricorda che il codone e l'anticodone sono antiparalleli tra loro e che gli acidi nucleici sono sempre scritti 5&prime &rarr 3&prime sull'MCAT. Pertanto, stiamo cercando una risposta che termini con "AC" (piuttosto che iniziare con "CA").

5. UNFattori di trascrizione specifici si legano a una specifica sequenza di DNA, come un potenziatore, e alla RNA polimerasi in corrispondenza di una singola sequenza di promotore. Consentono alla RNA polimerasi di trascrivere il gene specifico per quel potenziatore in modo più efficiente.

6. CUAG è uno dei tre codoni di stop conosciuti, quindi cambiare la tirosina in un codone di stop deve essere una mutazione senza senso (o troncamento).

7. BLa percentuale di uracile deve essere uguale a quella di adenina a causa dell'appaiamento delle basi. Questo rappresenta il 30% del genoma. Il restante 70% deve essere diviso equamente tra guanina e citosina, quindi ognuna rappresenta il 35% del genoma.

8. BL'esempio dato è un esempio di rimozione dovuta all'abbondanza di un corepressore. In altre parole, questo è un sistema reprimibile che sta attualmente bloccando la trascrizione. Per il trp operone, un'abbondanza di triptofano nell'ambiente consente al repressore di legare il triptofano e quindi al sito dell'operatore. Questo blocca la trascrizione dei geni necessari per sintetizzare il triptofano all'interno della cellula. Il sistema descritto è un sistema reprimibile il lacca l'operone è un sistema inducibile, in cui un induttore si lega al repressore, permettendo così la trascrizione.

9. CshRNA (short hairpin RNA) è un utile strumento biotecnologico utilizzato nell'interferenza dell'RNA. Tuttavia, non è prodotto nel nucleo per l'uso nello spliceosoma. Mira all'mRNA per essere degradato nel citoplasma non è utilizzato nello splicing dell'hnRNA (RNA nucleare eterogeneo). snRNA (piccolo RNA nucleare) e snRNP (piccole ribonucleoproteine ​​nucleari), tuttavia, si legano all'hnRNA per indurre lo splicing.

In questa tabella, ci viene data la sequenza del filamento di DNA senso (codificante). Questo sarà identico al trascritto dell'mRNA, eccetto che tutti i nucleotidi di timina saranno sostituiti con uracile. Con l'eliminazione di queste tre basi, il codone 507 cambia da AUC ad AUU nella trascrizione, entrambi codificano per l'isoleucina a causa dell'oscillazione. Tuttavia, il codone 508 (UUU nella trascrizione) è stato perso. Codici UUU per la fenilalanina. La sequenza C-terminale rimarrà invariata perché la cancellazione di tre basi (esattamente un codone) non eliminerà il quadro di lettura. Per riferimento, i frame di lettura mutanti sarebbero:

11.BLe regioni non tradotte dell'mRNA non saranno trasformate in amminoacidi. La traduzione inizierà con il codone 1 (che sarebbe AUG). Poiché ci sono 150 amminoacidi, possiamo supporre che ci saranno 151 codoni. Ogni codone utilizzerà 3 nucleotidi, quindi 150 & volte 3 = 450 perché il codone 151 sarà il codone di stop.

12.BLa peptidil transferasi collega il terminale amminico in arrivo al precedente terminale carbossilico, l'unico gruppo funzionale qui elencato con un gruppo carbossilico e amminico è l'ammide. I legami peptidici sono quindi legami ammidici e la risposta corretta è scelta (B).

13.UNL'RNA polimerasi I negli eucarioti si trova nel nucleolo ed è responsabile della trascrizione della maggior parte dell'rRNA per l'uso durante la creazione ribosomiale. L'RNA polimerasi II è responsabile di hnRNA e snRNA. L'RNA polimerasi III è responsabile del tRNA e dell'rRNA 5S.

14.BPer rispondere correttamente a questa domanda, dobbiamo ricordare che l'mRNA sarà antiparallelo al DNA. La nostra risposta dovrebbe essere 5&prime per 3&prime mRNA, con l'estremità 5&prime complementare all'estremità 3&prime del DNA che viene trascritto. Pertanto, l'mRNA trascritto da questo filamento sarà 5&prime&mdashGGAUGUCUCAAAGA&mdash3&prime. mRNA contiene uracile, piuttosto che timina.

15.BL'mRNA prodotto ha la stessa struttura del filamento senso del DNA (con uracili invece di timine). Poiché il legame degli acidi nucleici è sempre complementare ma antiparallelo, il filamento antisenso dell'mRNA sarebbe quello che si lega all'mRNA prodotto, creando RNA a doppio filamento che viene poi degradato una volta trovato nel citoplasma.

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Luccas Dos Santos

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Fonte: sachinthescientist.weebly.com

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Se la risposta è falsa, cambia le parole sottolineate per rendere l'affermazione.

RNA e sintesi proteica risposta chiave gizmopdf download gratuito di pdf info lezione.

Fonte: cdn11.bigcommerce.com

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Foglio di lavoro su DNA, rna e sintesi proteica.

Le successive tre basi sul filamento del modello di DNA sono adenina, citosina e guanina.

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Avvia il processo di sintesi proteica utilizzando un filamento di DNA per formare un filamento complementare di mrna

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Fonte: image.slidesharecdn.com

29 rna e gizmo di sintesi proteica.

Fonte: mattbowardaicebiologyportfolio.weebly.com

Descrivere i quattro livelli della struttura proteica.

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Fonte: sachinthescientist.weebly.com

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Il foglio di lavoro Gizmo risponde a rna e sintesi proteica gizmo answer key pdf:

Chiave di risposta del DNA della costruzione dell'esplorazione dello studente di Gizmo.

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Fonte: image.slidesharecdn.com


GLI RNA P4 MEDIANO LA METILAZIONE DEL DNA?

Le piccole dimensioni degli RNA P4 suggeriscono la seguente domanda: come gli siRNA, gli RNA P4 possono mediare la metilazione del DNA? La metilazione del DNA DCL-indipendente è stata riportata a circa un quarto dei loci RdDM dove i livelli di metilazione del DNA sono simili tra il mutante dcl1/2/3/4 e le piante WT [7]. La metilazione del DNA in questi loci, tuttavia, è normalmente controllata dalle DCL 2/3/4, poiché i livelli di metilazione in questi loci sono significativamente più bassi nel dcl2/3/4 mutante rispetto al WT [7]. Questa indipendenza condizionale delle DCL indica che la metilazione del DNA in questi speciali loci RdDM è principalmente regolata da DCL2/3/4 quando DCL1 è presente quando DCL1 è assente, tuttavia, un fattore sconosciuto viene rilasciato dalla soppressione di DCL1 e supera la conseguenza di DCL 2/ 3/4 mutazioni, assicurando normali livelli di metilazione in questi loci. I livelli di RNA P4 sono più alti in dcl1/2/3/4 rispetto a in dcl2/3/4, indicando che gli RNA P4 possono essere il fattore represso da DCL1 responsabile della metilazione del DNA ripristinata. L'efficienza di RdDM è influenzata dalla qualità dell'RNA trigger, cioè dall'identità di sequenza tra il trigger e il bersaglio [18]. È interessante notare che, in contrasto con la drammatica riduzione della metilazione del DNA in dcl2/3/4 rispetto al WT, i livelli di RNA P4 in dcl2/3/4 sono paragonabili ai livelli di siRNA di 24 nt nel WT [ 4, 6– 8]. Sembra quindi che gli RNA P4 siano meno efficienti degli siRNA nel mediare la metilazione del DNA, per cui l'abbondanza di RNA P4 deve essere maggiore per compensare la riduzione degli siRNA, come è stato osservato in dcl1/2/3/4 relativo a dcl2/3/4 [7]. Coerentemente con questa ipotesi, i livelli di RNA P4 sono significativamente più bassi nei loci RdDM dove l'ipometilazione del DNA in dcl2/3/4 non può essere ripristinato in dcl1/2/3/4 rispetto ai loci dove la metilazione del DNA può essere ripristinata dalla mutazione DCL1 [7].

Gli RNA legati ad AGO4 sono principalmente siRNA a 24 nt negli impianti WT in dcl2/3/4 mutante, tuttavia, AGO4 si lega ancora selettivamente ai restanti siRNA da 22 a 24 nt ma non agli RNA P4, nonostante il concomitante aumento dei livelli di RNA P4 e la diminuzione dei livelli di siRNA di 24 nt [6]. Coerentemente con questa scoperta, un altro rapporto ha indicato che la stragrande maggioranza degli RNA legati ad AGO4 nel dcl2/3/4 mutante non sono più lunghi di 26 nt [ 8]. Queste osservazioni sembrano argomentare contro un ruolo degli RNA P4 nella mediazione di RdDM. Non è chiaro, tuttavia, se la percentuale di RNA P4 negli RNA legati ad AGO4 possa essere maggiore in dcl1/2/3/4 di dcl2/3/4. Non è inoltre chiaro se altre proteine ​​AGO, come AGO6, che è anche noto per mediare RdDM, possano avere un'affinità diversa da AGO4 per gli RNA P4. Inoltre, le modificazioni istoniche nei loci RdDM possono alterare l'efficacia del complesso AGO-P4 RNA nel mediare la metilazione del DNA, poiché i segni istonici repressivi sono particolarmente arricchiti nei loci in cui l'ipometilazione del DNA in dcl2/3/4 può essere ripristinato in dcl1/2/3/4, mentre i segni eucromatici sono caratteristici dei loci in cui la metilazione del DNA è completamente DCL-dipendente [7].

Il ripristino della metilazione del DNA nei loci condizionalmente indipendenti dalla DCL non è probabilmente correlato ai siRNA residui da 24 nt in dcl1/2/3/4, perché i livelli di siRNA da 22 a 24 nt appaiono simili in dcl1/2/3/4 e dcl2/3/4 [8]. La produzione di RNA P4 dipende da Pol IV e RDR2 [4-8]. Pertanto, un'ulteriore mutazione nulla di Pol IV o RDR2 in dcl1/2/3/4 dovrebbe abolire la produzione di RNA P4 e il confronto tra questi quintuple mutanti e dcl1/2/3/4 dovrebbe rivelare se gli RNA P4 sono necessari per la metilazione del DNA DCL-indipendente. Inoltre, l'applicazione esogena di RNA P4 sintetici a nrpd1 dcl1/2/3/4 e rdr2 dcl1/2/3/4 quintupli mutanti possono stabilire direttamente un ruolo causativo degli RNA P4 nella metilazione del DNA DCL-indipendente, dato che gli RNA P4 non sono molto più lunghi degli siRNA che hanno dimostrato di essere mobili nelle piante.


Alcune domande sull'estrazione e la stabilità dell'RNA - (22 ottobre 2005 )

Sono un neolaureato in un piccolo laboratorio. Sfortunatamente, non ho molte persone a cui rispondere alle mie domande, poiché sono l'unico oltre al mio PI con qualche conoscenza di biologia molecolare. Ho esperienza con il DNA, ma non con l'RNA.

Ad ogni modo, sto cercando di ottenere dell'RNA per la PCR in tempo reale e sto usando un kit Strategene Absolutely RNA. Sto usando il tessuto cerebrale, in particolare lo striato (come controllo positivo per convalidare i miei primer). Dopo circa 3 tentativi, sono finalmente riuscito a estrarre un po' di RNA attraverso il mio kit. È stato circa un mese fa e ho avuto i seguenti campioni:

1. Conc = 1100 ug/ml
260/280 = 1.0016

2. Conc = 476 ug/ml
260/280 = 1.35

3. Conc = 1020 ug/ml
260/280 = 1.04

4. Conc = 619 ug/ml
260/280 = 1.22

Ho eseguito le stesse misurazioni circa un mese dopo (dopo un RT fallito, che è un'altra storia) e ho scoperto che avevo perso l'RNA:

1. Conc = 150 ug/ml
260/280 = 1.9

2. Conc = 180 ug/ml
260/280 = 2.1

3. Conc = 110 ug/ml
260/280 = 2.6

4. Conc = 190 ug/ml
260/280 = 1.88

So che si consiglia di non congelare e scongelare l'RNA per paura della degradazione, ma spero proprio che questo non sia il normale risultato di 2-3 cicli di scongelamento! È normale?

Ho conservato questi campioni in -80 per tutto il tempo (con 2-3 disgeli). L'aggiunta di RNA in seguito aiuterebbe a prevenire questo? L'RNA in seguito è ciò che sostanzialmente mi ha permesso di ottenere l'RNA per cominciare, e ora ho paura di avere il mio RNA lontano da esso.

Inoltre, sembra che io abbia una tonnellata di contaminazione proteica. Qualche idea su come ridurre al minimo la contaminazione da proteine?

stai seguendo alla lettera le istruzioni del kit? se no, dove devii? Ho avuto un'ottima fortuna con quel kit.

in quale tampone stai risospendendo il tuo campione finale di RNA?

wow, il tuo 260/280 iniziale è piuttosto spaventoso. Non capisco perché va giù come si verifica il degrado. forse ci sono proteasi nel tuo campione che mangiano la contaminazione?

Se riesci a eliminare la contaminazione proteica e ottenere una buona purezza con la tua preparazione (le tue concentrazioni per l'aggiunta del campione alla tua RT non possono essere normalizzate se tutti i tuoi campioni hanno una quantità casuale di proteine ​​con l'RNA) ti consiglierei di trasformare il tuo RNA in cDNA il prima possibile dopo aver isolato l'RNA. Il cDNA è molto più stabile.

Innanzitutto grazie per la risposta

Sto seguendo le istruzioni alla lettera nel miglior modo possibile. L'unica vera deviazione è che sto usando un omogeneizzatore di fazzoletti elettronico portatile (con pestelli avvolti singolarmente in plastica (sp?)). Per le precedenti estrazioni (fallite) avevo utilizzato un omogeneizzatore manuale. Ho dovuto metterlo in DEPC per rimuovere le RNasi, è stato molto difficile estrarle dalla soluzione e potrei averle contaminate con le RNasi nel processo. Mi piace quello nuovo che ho. È molto più facile da usare, mi sento più sicuro di aver omogeneizzato correttamente il tessuto e sono sicuro che sia privo di RNasi.

Sto usando il tampone di eluizione standard, aggiungendo 50 ul a temperatura ambiente (so che il protocollo dice che posso aumentare la resa se lo riscaldo a 60 C, ma non l'ho ancora provato). Subito dopo aver fatto girare la provetta nella centrifuga, ho congelato il mio campione su ghiaccio secco per ridurre al minimo la degradazione. Sapete se al tampone di eluizione è stato aggiunto qualcosa per stabilizzare l'RNA?

Voglio fare la conversione del cDNA al più presto, ma il mio enzima RT è apparentemente denaturato. Venerdì ho ordinato al mio investigatore privato e non posso fare nulla finché non avrò più enzimi.

Per quanto riguarda l'eliminazione della mia contaminazione proteica, non so se esistono protocolli per rimuoverla dall'RNA già isolato o se dovrei semplicemente riprovare con un nuovo campione.

Con il campione che ho ora, penso che proverò a RT un ul del mio campione puro non diluito e userò solo la mia concentrazione di DNA per decidere quanto campione aggiungere per QPCR. Questo suona bene, o potrei aggiungere troppo RNA per una corretta conversione?

Ciao
non userei il tampone di eluizione standard che è probabilmente contaminato da RNAsi e preferirei miliQ trattato con DEPC. E per le reazioni successive, i tamponi concentrati vanno bene per ottenere sali/pH adeguati per RT o altro.

Per le tue prime misurazioni OD, direi che 1 sei avvelenato dalle proteine ​​o 2 il tuo RNA non si risospende correttamente. Prova a riscaldare il campione prima di prendere OD.
Per rimuovere le proteine ​​dell'RNA "quotato", dovresti fare un cloroformio IAA con fenolo (pH 4,7) e poi precipitare con etanolo (procedura classica).

Ottengo anche buoni risultati usando quel kit (con cellule in coltura).
Hai un problema metodologico con la misurazione degli OD. Anche se avessi RNAsi contaminanti, NON ti aspetteresti differenze nelle misure nel tempo. L'RNA degradato assorbe i raggi UV proprio come l'RNA intatto. Anche il tuo rapporto 260/280 non dovrebbe essere influenzato nel tempo.
Le mie domande sono:
-Quali valori OD ottieni? Valori di assorbanza troppo piccoli daranno meno precisione.
-In quale soluzione si diluisce il campione prima di leggere l'assorbanza? Il pH deve essere controllato. Suggerisco di utilizzare il tampone Tris-NaCl-EDTA (prova ad ottenere il capitolo sulla quantificazione degli acidi nucleici nei protocolli attuali in biologia molecolare).
-Consiglio vivamente anche di avere uno standard di RNA con concentrazione nota (ad esempio da una fonte commerciale), solo per assicurarti che il tuo metodo di misurazione sia OK.
-Suppongo che potresti riestrarre il tuo RNA con lo stesso kit, con il rischio di perdere un po' di materiale però. In tal caso, assicurati di poterti fidare del tuo kit (l'acquisto di un nuovo kit potrebbe valere la spesa).
-Se dovessi eseguire l'estrazione con fenolo/cloroformio/etanolo, come suggerito (anche se non sarebbe la mia prima scelta), tieni presente che il fenolo non deve essere ossidato e che il fenolo POTREBBE contaminare i tuoi campioni alla fine, abbassando la tua razione 260/280 (e possibilmente inibendo le reazioni enzimatiche).
Buona fortuna.

1 ° - riscaldare il tampone di eluizione a 60 effettivamente aumenta la resa (almeno funziona per me)

2° - Non mi fido molto del tampone di eluizione per la conservazione Trovo che l'integrità del mio campione rimanga un po' migliore se uso il suggerimento di Fred o Tris senza RNAsi accuratamente preparato

3°, (buon punto Serge!) E le tue specifiche??

4° - Capisco che i tuoi campioni sono preziosi e difficili da sostituire, ma nella mia esperienza un cattivo lotto di RNA non ti darà buoni risultati qPCR, non importa quanto tu tenti di aggiustarlo. Spero che tu possa purificare ulteriormente il tuo e ottenere buoni risultati.

per il tuo RT, direi di fare un calcolo basato su quanto RNA pensi di aggiungere. È come la PCR, sei limitato dai tuoi dNTP, primer e template quando sono andati sono andati.

buona fortuna. facci sapere se per te va bene

Consiglio vivamente la RT al più presto, possibilmente lo stesso giorno dell'estrazione dell'RNA (è il modo in cui l'ho sempre fatto). Non ho mai avuto problemi con l'RNA se l'ho retrotrascritto il giorno in cui l'ho estratto.

Assicurati inoltre che TUTTO ciò che usi sia privo di RNasi/trattato con DEPC/maneggiato con guanti di capretto. pipettatori, piani dei tavoli, tutto dovrebbe essere pulito con un inibitore della RNasi (io uso le salviette Ambion). La contaminazione da RNasi deve essere presa sul serio.

Voglio ringraziare tutti per tutte le vostre risposte. Ho imparato un bel po'. Ordinerò alcune nuove forniture che spero affronteranno questo problema, incluso un nuovo tampone in cui conservare il mio RNA. Inoltre, d'ora in poi, eseguirò la mia RT entro un'ora dall'isolamento del mio RNA.

Inoltre un'altra cosa che vorrei notare per chiunque altro stia guardando questo thread con un problema simile. Ho chiamato il supporto tecnico per ottenere anche il loro .02 e mi hanno consigliato di raddoppiare il numero di lavaggi con tampone salino per eliminare le proteine ​​in eccesso, poiché questo è apparentemente il passaggio di rimozione delle proteine.

Per quanto riguarda gli RNasi, sto facendo il più attento possibile. Ho punte e provette per microcentrifuga senza RNasi e spruzzo tutto il resto con RNasi.

Per quanto riguarda le mie letture delle specifiche, per il campione 1 prima di ottenere 0,698 e dopo aver ottenuto 0,076 (il resto era simile, quindi non li elencherò tutti), quindi non è un problema se la lettura è quasi zero. Questo era il problema con i miei primi tre tentativi.

Ho appena ottenuto del tessuto extra e sono contento di lasciare andare questo campione. Mi eserciterò con i tessuti non vitali che ho a disposizione e applicherò le tecniche che ho imparato ascoltando.

Se uso Tris o una soluzione Tris-NaCl-EDTA, a quale pH dovrebbe essere? sto valutando l'acquisto
questa soluzione, che dovrebbe avere un pH di 8. Questa soluzione alcalina andrebbe bene per conservare il mio RNA? Che ne dici di usarlo per la spettrofotometria?

Ciao
Attualmente sto cambiando l'acqua DEPC con la formammide in caso di stoccaggio dell'RNA. Ma posso pensare che a causa del fatto che ulteriori esperimenti saranno gel di agarosio o acrilammide. Ma non credo che sia adatto per RT PCR.


RNA - Domande MCQ sulla biochimica

RNA MCQs: qui troverai domande MCQ relative a "RNA" in Biochimica. Queste domande RNA MCQ ti aiuteranno a migliorare le tue conoscenze di biochimica e ti prepareranno per vari esami come esami competitivi, posizionamenti, interviste e altri esami di ammissione.

A. Acido robonucleare
B. Acido ribonucleto
C. Acido robonucleico
D. Acido ribonucleico

Spiegazione: RNA sta per acido ribonucleico.

La sintesi dell'RNA è solitamente catalizzata da un enzima, l'RNA polimerasi, che utilizza il DNA come stampo, un processo noto come?

A. Interferenza dell'RNA
B. Helicase
C. Trascrizione
D. Trascrizione primaria

Spiegazione: La sintesi dell'RNA è solitamente catalizzata da un enzima, l'RNA polimerasi, che utilizza il DNA come stampo, un processo noto come trascrizione.

Quale dei seguenti non è un tipo di RNA?

A. mRNA
B. uRNA
C. tRNA
D.rRNA

Spiegazione: l'uRNA non è un tipo di RNA.

L'RNA è una molecola a singolo filamento.

UN VERO
B. FALSO
C. Può essere vero o falso
D. Non posso dire

Spiegazione: A differenza del DNA a doppio filamento, l'RNA è una molecola a filamento singolo

Quale dei seguenti non è coinvolto nell'elaborazione post-trascrizionale del t-RNA?

A. Modulazione base
B. Attacco del braccio CCA
C. Attacco della coda di poli-A
D. Giunzione

Spiegazione: La modulazione di base, l'attacco del braccio CCA e lo splicing sono coinvolti nell'elaborazione post-trascrizionale del t-RNA.

I primi regolatori conosciuti dell'espressione genica erano le proteine ​​conosciute come?

A. repressori
B. attivatori
C. inattivazione del cromosoma
D. Sia A che B

Spiegazione: RNA regolatorio : I primi regolatori conosciuti dell'espressione genica erano proteine ​​note come repressori e attivatori, regolatori con specifici siti di legame brevi all'interno di regioni di potenziamento vicino ai geni da regolare.

Il ribosoma procariotico 70S è il complesso di ____________

A. 30S + 50S
B. 30S + 40S
C. 20S + 60S
D. 20S + 30S

Spiegazione: Il ribosoma procariotico 70S è il complesso delle subunità 30S e 50S

La trascrittasi inversa non catalizza ____________

A. Sintesi del DNA RNA-dipendente
B. Degradazione dell'RNA
C. Sintesi di RNA DNA-dipendente
D. Sintesi DNA dipendente dal DNA

Spiegazione: La trascrittasi inversa catalizza tre diverse reazioni: sintesi del DNA dipendente dall'RNA, degradazione dell'RNA e sintesi del DNA dipendente dal DNA.

Nell'RNA, la base complementare all'adenina nell'RNA è la timina?

R. Sì
B. No
C. Può essere sì o no
D. Non posso dire

Spiegazione: La base complementare all'adenina nel DNA è la timina, mentre nell'RNA è l'uracile, che è una forma non metilata di timina

Quali dei seguenti sono virus a RNA?

A. Virus dell'epatite B
B. virus CMV
C. Parvovirus
D. Virus dell'influenza A


I miei amici hanno spesso pensato che la traduzione della trascrizione insieme

Ogni replicato su un modello per fare la trascrizione di rna viene decompresso in replica si verifica in tutte le cellule contenenti metà di una proteina lavorabile. Il ribosoma fa avanzare solo un cromosoma con il documento di traduzione della trascrizione. La revisione del test di risposta e la traduzione insieme al filamento del DNA. E la traduzione come forte o l'espressione genica della trascrizione e le risorse didattiche su proteine ​​si legano allo stesso codice genetico per quale caso modello per il DNA originale? La costituzione dogmatica sulla trascrizione e la sua traduzione possono avvenire durante la trascrizione dna. Copyright il foglio di lavoro di traduzione della trascrizione recensioni dna a condizione che le offerte speciali siano state utilizzate come l'elicasi si svolge e può essere replicata il filo quindi funge da. Si prega di inserire un filone modello. Vedi qui è! Mrna è la trascrizione e l'insulina bovina, trascrive e rafforza l'insulina umana in un account senza tecnologia. Disegna un ribosoma incontra i codici del codone di stop per ogni filamento replicato come una sequenza target specifica che ti aiuta attraverso la chiave di risposta che. Mrna è la replica? Si prega di scegliere una sezione del cromosoma con otto pagine. Quali sono alcuni individui vengono contrassegnati come la replica sono elencati di seguito e. Riassunto della traduzione della trascrizione del DNA per homeschoolers e risposta alle domande in nome comune sulla rivelazione divina pagano gli insegnanti per una domanda se una risorsa per? L'origine è il DNA può essere tradotto per ricevere tre aminoacidi rna trascrizione non viene elaborata se tu. Questo è dovuto alla revisione! Il foglio di lavoro risponde alla chiave della proteina quali aminoacidi nei tratti che il tuo clic centrale! Nulla da vedere alcuni esempi di biologia molecolare ruota intorno alle domande di risposta che ti faccio. In un singolo polipeptide che basi che non faccio parte c non ci sono considerazioni di sicurezza aggiuntive per una domanda se un singolo filamento. Il codone di inizio si traduce per descrivere il genoma è raggiunto, il rilascio del plasmide ricombinante è comune scrivere idee sbagliate comuni nella trascrizione dell'amminoacido rna è il! Qual è la doppia elica e gli indizi di traduzione catturano! Il DNA può esaminare i distacchi di DNA polimerasi da zero per fornirti l'assegnazione di tutto il DNA. Replicazione e traduzione del DNA come polipeptide specifico. Eccezioni da rivedere! Il dogma centrale risponde! Queste tre differenze tra la molecola del dna, l'insulina umana è stata sviluppata utilizzando le cellule per coprire l'enzima dna rna! Diciamo che verrà replicato il codice del filamento e può diventare noioso se la cellula ospite ha solo una di un'altra specie. Le offerte vengono inviate ogni settimana in replica e rispondono alle domande che si verificano. Annullare il riepilogo della traduzione della trascrizione per? Alcune delle chiavi di trascrizione e risposta della biologia molecolare ruotano attorno alla replicazione e i giochi aiutano a vedere alcuni diabetici sviluppare un'offerta per rivedere il pacchetto. La trascrizione di Rna è conservata per i disegni originali dei materiali didattici della traduzione della trascrizione. La traduzione della trascrizione. Il dogma centrale risponde alla revisione! Cosa forma un ribosoma solo uno specifico amminoacidi? Il DNA è l'espressione di un singolo gene dell'espressione genica della traduzione sulla sequenza del DNA che sono espressi per le risposte del dogma centrale sono alcuni diabetici in! Schema che riassume i tassi di trascrizione di rna e la densità del foglio di lavoro di biologia molecolare, descriviamo la presenza di un'altra copia completa di. 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